Konieczność wydania niniejszego programu wynika bezpośrednio z przepisów dyrektywy Parlamentu Europejskiego i Rady 2008/56/WE z 17.06.2008 r. ustanawiającej ramy działań Wspólnoty w dziedzinie polityki środowiska morskiego (dyrektywa ramowa w sprawie strategii morskiej) (Dz. Urz. UE L 164 z 25.06.2008, str. 19), której celem jest zobligowanie państw członkowskich do podjęcia niezbędnych działań na rzecz osiągnięcia lub utrzymania dobrego stanu ekologicznego środowiska morskiego najpóźniej do 2020 r.
Zgodnie z regulacjami Prawa wodnego, Rada Ministrów przyjmuje krajowy program ochrony wód morskich, w drodze rozporządzenia, kierując się potrzebą uwzględnienia stanowiska Komisji Europejskiej oraz powszechnym charakterem programu.
Projekt Krajowego programu ochrony wód morskich został opracowany na podstawie art. 61s ust. 1 Prawa wodnego przez Prezesa Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej, poddany konsultacjom w marcu 2016 r., uzgodniony z członkami Rady Ministrów w grudniu 2016 r., a następnie w dniu 14 grudnia 2016 r. przekazany do Komisji Europejskiej. Komisja Europejska 10 sierpnia 2017 r. przekazała na roboczo uwagi do dokumentu, które dotyczyły głównie zagadnień związanych z rybołówstwem (wyjaśnienie wskaźników zastosowanych we wstępnej ocenie stanu środowiska wód morskich, wyjaśnienie dotyczące stanu populacji ssaków morskich) oraz konieczności doprecyzowania regulacji, o których mowa w art. 14 ww. dyrektywy. Uwagi Komisji Europejskiej zostały uwzględnione w konsultowanym projekcie rozporządzenia.
Zgodnie z art. 61b Prawa wodnego w celu ochrony środowiska wód morskich opracowuje się i wdraża strategię morską, która jest zespołem działań polegających m.in. na opracowaniu i wdrożeniu krajowego programu ochrony wód morskich.
Krajowy program ochrony wód morskich, zgodnie z art. 6lr ust. 1 Prawa wodnego, określa m.in.:
1) działania podstawowe niezbędne do osiągnięcia lub utrzymania dobrego stanu środowiska wód morskich (w tym działania prawne, administracyjnie, ekonomiczne, edukacyjne i kontrolne),
2) działania doraźne,
3) analizę wpływu działań podstawowych i działań doraźnych na wody pozostające poza obszarem wód morskich w celu zminimalizowania zagrożeń i, jeśli jest to możliwe, uzyskanie pozytywnego wpływu na te wody,
4) sposób podejmowania działań podstawowych i działań doraźnych oraz stopień, w jakim przyczyniają się one do osiągnięcia celów środowiskowych dla wód morskich.
Konsultacje projektu rozporządzenia potrwają do połowy października.
Termin wejścia w życie rozporządzenia zaplanowano na 14 dni od dnia jego ogłoszenia.