Podmioty korzystające ze środowiska ustalają we własnym zakresie wysokość należnych opłat za okres, w którym korzystanie ze środowiska miało miejsce. Opłaty za dany rok kalendarzowy wnosi się na rachunek właściwego urzędu marszałkowskiego do dnia 31 marca następnego roku. Opłaty za wprowadzanie gazów lub pyłów do powietrza, wynikające z eksploatacji urządzeń, wnoszone są na rachunek urzędu marszałkowskiego właściwego ze względu na miejsce rejestracji podmiotu korzystającego ze środowiska, a pozostałe opłaty na rachunek urzędu marszałkowskiego właściwego ze względu na miejsce korzystania ze środowiska (art. 277 ustawy - Prawo ochrony środowiska).
Raz w roku do dnia 31 marca podmioty korzystające ze środowiska przedkładają marszałkowi województwa wykazy za rok poprzedni zawierające informacje i dane o zakresie korzystania ze środowiska oraz wysokości należnych z tego tytułu opłat.
Nie wnosi się opłat z tytułu wprowadzania gazów lub pyłów do powietrza, wprowadzania ścieków do wód lub do ziemi, poboru wód oraz składowania odpadów, których roczna wysokość nie przekracza 800 zł (art. 289 ustawy - Prawo ochrony środowiska).