Centrala NFZ jako główny zakres i cel swoich zadań określa kontrolę „prawidłowości, efektywności i jakości działania Funduszu zgodnie z wyznaczonymi zadaniami ustawowymi, regulaminowymi, ustalonymi planami działania oraz obowiązującymi przepisami prawa”.
W zadaniach Centrali umieszczone jest między innymi przeprowadzanie kontroli, zadania audytowe, analizy ryzyka, przetwarzanie danych, analiza sprawozdań, przygotowanie raportów, a także zmiany w wycenach usług i inne działania mające na celu zwiększanie roli ambulatoryjnej opieki specjalistycznej w systemie opieki zdrowotnej.
Wśród zadań oddziałów Funduszu zamieszczono między innymi obsługę świadczeniodawców, korzystających z dyrektywy transgranicznej, w tym terminowe rozpatrywanie wniosków o zwrot kosztów świadczeń poniesionych w ramach transgranicznej opieki zdrowotnej oraz dokonywanie wypłat w przypadku decyzji przyznające zwrot.
Plan pracy NFZ jest dostępny na stronie nfz.gov.pl
NFZ opublikował plan pracy na rok 2014
25 marca 2014 roku Narodowy Fundusz Zdrowia opublikował plan pracy na rok 2014, obejmujący plan pracy Centrali NFZ oraz plany pracy oddziałów wojewódzkich uchwalone przez rady oddziałów.