Krajowa Rada Sądownictwa sformułowała zarzuty proceduralne dotyczące uchwalenia ustawy z dnia 18 sierpnia 2011  r. o zmianie ustawy - Prawo o ustroju sądów powszechnych oraz niektórych innych ustaw (dalej: ustawa zmieniająca) oraz zarzuty merytoryczne dotyczące zmian wprowadzonych do ustawy - Prawo o ustroju sądów powszechnych (dalej: p.u.s.p.)
Wskazując na zarzuty dotyczące procedury uchwalenia ustawy zmieniającej, KRS w pierwszej kolejności podniosła, że pierwsze czytanie ustawy zostało przeprowadzone na posiedzeniu komisji sejmowej (Komisji Sprawiedliwości i Praw Człowieka) zamiast na posiedzeniu plenarnym Sejmu. Zgodnie z art. 37 ust. 2 Regulaminu Sejmu pierwsze czytanie na posiedzeniu Sejmu przeprowadza się m.in. w odniesieniu do projektów ustaw regulujących ustrój i właściwość władz publicznych.
Po drugie KRS zakwestionowała brak formalnego zaopiniowania przez nią projektu ustawy w postaci, którą Rada Ministrów przedłożyła Sejmowi. Zdaniem KRS, w przypadku ustaw uprawnienie do ich opiniowania dotyczy przede wszystkim tej wersji dokumentu, który został formalnie skierowany do Sejmu przez podmiot korzystający z inicjatywy ustawodawczej, a więc projektu w rozumieniu art. 32 i następnych Regulaminu Sejmu.

Nadzór ministra nad sądami
KRS zakwestionowała przepisy, ustanawiające nadzór ministra sprawiedliwości nad działalnością administracyjną sądów. Zdaniem KRS rozszerzenie zakresu nadzoru nad działalnością administracyjną sądów ze strony organu władzy wykonawczej - Ministra Sprawiedliwości i przekazanie kierowania tą działalnością podległym mu organom - dyrektorom sądów, przy jednoczesnym pozbawieniu uprawnień prezesów sądów, prowadzi do naruszenia podziału i równowagi pomiędzy władzą wykonawczą i sądowniczą na rzecz przyznania prymatu tej pierwszej w zakresie administrowania sądami. W konsekwencji ogranicza odrębność i niezależność sądów, gwarantowaną w art. 173 konstytucji.

Podział kompetencji między prezesem a dyrektorem
KRS zakwestionowała przepisy, które dotyczą podziału kompetencji pomiędzy prezesem sądu a dyrektorem sądu. KRS wskazała, że mimo formalnego zwierzchnictwa służbowego prezesa sądu nad dyrektorem sądu, wyłączone są sprawy związane z dysponowaniem budżetem sądu, działalność administracyjna sądu zapewnieniu odpowiednich warunków techniczno-organizacyjnych oraz majątkowych funkcjonowania sądu, a także kierowanie personelem administracyjnym (z wyjątkiem referendarzy i asystentów sędziów). Zdaniem KRS, ograniczenie w tak dalekim zakresie uprawnień prezesa sądu do kierowania podległym mu sądem na rzecz dyrektora sądu, który podlega władzy wykonawczej, narusza zasadę podziału władzy oraz odrębność i niezależność sądów.

Relacje minister- dyrektor sądu
KRS sformułowała zarzuty w odniesieniu przepisów, które dotyczą relacji pomiędzy ministrem sprawiedliwości a dyrektorem sądu. Zdaniem KRS, art. 32 b § 1 i 3 p.u.s.p. w zakresie, w jakim przewiduje fakultatywne, a nie obligatoryjne odwołanie przez Ministra Sprawiedliwości dyrektora sądu w przypadku negatywnej oceny sprawozdania z powierzonej mu działalności sądów przez zgromadzenie ogólne sędziów apelacji, jak również wniosku przez prezesa sądu, narusza zasadę podziału władzy oraz odrębność i niezależność sądów. Ponadto KRS uważa, że art. 32 c § 1 i 2 p.u.s.p pozbawia prezesów sądów, którzy formalnie mają być zwierzchnikami dyrektorów sądów, wpływu na wynagrodzenie tych organów. Zarówno o wysokości wynagrodzenia, jak i dodatków specjalnych oraz nagród dla dyrektorów sądów i ich zastępców ma decydować wyłącznie Minister Sprawiedliwości.

Relacje minister- prezes i sędzia
KRS zakwestionowała artykuły ustawy, które dotyczą relacji pomiędzy ministrem sprawiedliwości a prezesem sądu. Zdaniem KRS przyznanie Ministrowi Sprawiedliwości prawa do zwracania prezesowi lub wiceprezesowi sądu uwagi (art. 37g § 5 p.u.s.p.), nie tylko w zakresie sprawowania wewnętrznego nadzoru administracyjnego nad sądami, ale również w zakresie kierowania sądem, a także do odmowy przyjęcia informacji rocznej o działalności sądu (art. 37h § 2 - 4 p.u.s.p.), bez jednoczesnego zapewnienia prezesowi sądu możliwości zakwestionowania takiego stanowiska przed KRS, narusza zasadę podziału władzy oraz odrębność i niezależność sądów.
KRS wskazała, że w art. 106c p.u.s.p. wprowadzono instytucję "indywidualnego planu rozwoju sędziego", bez określenia na czym ten plan ma polegać i w jakim celu ma być opracowywany. Zdaniem KRS system ocen sędziów w istocie stanowi kolejny instrument nadzoru nad działalnością administracyjną sądów, który rozszerzył kompetencje Ministra Sprawiedliwości.
Ocena pracy sędziego

KRS zakwestionowała art. 106e p.u.s.p., który przewiduje upoważnienie dla ministra sprawiedliwości do określenia w drodze rozporządzenia szczegółowych kryteriów i sposobu oceny pracy sędziego oraz szczegółowego sposobu opracowywania indywidualnego planu rozwoju zawodowego sędziego. Zdaniem KRS, z uwagi na znaczenie regulacji związanych z oceną pracy i planowaniem rozwoju zawodowego sędziów, zagadnienia zawarte w upoważnieniu powinny stanowić materię ustawową. Ponadto, rozporządzenie Ministra Sprawiedliwości przesądzi jak będą wyglądały oceny pracy sędziów. W tym zakresie akt ten nie wykonuje ustawy, ale ją uzupełnia, co w świetle art. 92 ust. 1 konstytucji jest niedopuszczalne.