Skargi zostały wniesione do Trybunału przez liczne węgierskie związki wyznaniowe, które wraz z wejściem w życie na Węgrzech w 2012 r. nowej ustawy o kościołach utraciły swe statusy "zarejestrowanych kościołów", co pociągnęło za sobą utratę określonych przywilejów podatkowych i finansowych (zarejestrowane kościoły otrzymują na Węgrzech m.in. wsparcie finansowe od państwa). Nowe prawo miało głównie na celu walkę z nadużyciami finansowymi przy korzystaniu z dotacji państwowych - mimo że skarżące związki utraciły status prawny "kościołów", to w dalszym ciągu mogą prowadzić działalność wyznaniową jako zwykłe stowarzyszenia. Uzyskanie statusu "zarejestrowanego kościoła" i powrót do możliwości korzystania z dawnych przywilejów wymaga obecnie zwrócenia się do węgierskiego parlamentu o rejestrację.

Trybunał Praw Człowieka uznał, iż ustawowa derejestracja skarżących związków wyznaniowych sprowadzała się do naruszenie prawa do stowarzyszania się (art. 11 Konwencji o prawach człowieka) w związku z art. 9 Konwencji (wolność myśli, sumienia i wyznania). Jakkolwiek cel w postaci walki z przestępczością i zapobiegania nadużyciom finansowym przy dysponowaniu środkami publicznymi jest celem uzasadnionym prawnie, to zdaniem Trybunału mógł on zostać osiągnięty w drodze mniej inwazyjnych i drastycznych środków niż ustawowa derejestracja skarżących związków. Skarżące związki korzystały ze statusu "zarejestrowanego kościoła" od wielu lat, a rozwiązanie prawne, w wyniku którego związki te musiały ubiegać się w parlamencie węgierskim o ponowną rejestrację prawną uwzględniającą ich wyznaniowy charakter - było dla Trybunału zupełnie niezrozumiałe. Parlament jako ciało ustawodawcze jest z jednej strony organem politycznym, a z drugiej strony - jako władza ustawodawcza w państwie - nie powinien się angażować w żadną działalność mogącą szkodzić zasadzie neutralności religijnej i światopoglądowej państwa. Rząd węgierski nie przedstawił żadnego uzasadnienia zaskarżonego rozwiązania prawnego, które jest sprzeczne z samą istotą obowiązków państwa z art. 9 Konwencji.

Jeżeli chodzi o utratę przywilejów podatkowych i dotacji państwowych związanych ze statusem "zarejestrowanego kościoła" na Węgrzech, Trybunał wskazał, że wszelka pomoc finansowa udzielana związkom wyznaniowym - udzielana zwłaszcza na podstawie niejasnych, nierównych kryteriów - wymaga uważnej kontroli. W omawianej sprawie dotacje państwowe zostały wycofane jedynie w odniesieniu do części związków wyznaniowych, ponieważ związki te nie spełniały nowych kryteriów ustalonych przez ustawodawcę. Do kryteriów tych należała m.in. długość istnienia związku - 100 lat na świecie i 20 na Węgrzech - która została uznana przez Trybunał za nadmierną. Za nadmierne Trybunał uznał także ograniczenie możliwości składania jednoprocentowych odpisów podatkowych jedynie do "zarejestrowanych kościołów". Wszystkie te elementy złożyły się w sumie na bardzo daleko idące ograniczenie działalności wyznaniowej skarżących podmiotów, ograniczenie, które zdaniem Trybunału nie było "konieczne w społeczeństwie demokratycznym". Miało więc miejsce naruszenie Konwencji.

Warto zwrócić uwagę na powracający w linii orzeczniczej Trybunału wymóg neutralności wyznaniowej i światopoglądowej państwa-strony Konwencji o prawach człowieka. Trybunał wyraźnie wskazuje, że jakiekolwiek faworyzowanie konkretnych związków wyznaniowych lub kościołów jest sprzeczne z rolą państwa jako neutralnego organizatora życia religijnego oraz gwaranta pluralizmu wyznaniowego w państwie. Zasada ta warta jest przypominania szczególnie w państwach takich jak Polska, w których rola jednego z kościołów wydaje się być wyraźnie dominująca.

Tak wynika z wyroku Trybunału z 8 kwietnia 2014 r. w połączonych sprawach nr 70945/11, 23611/12, 26998/12, 41150/12, 41155/12, 41463/12, 41553/12, 54977/12 i 56581/12, Magyar Keresztény Mennonita Egyház i inni przeciwko Węgrom.