Tym samym SN uchylił wyrok sądu apelacyjnego ze stycznia 2011 r., który skazał Andrzeja Pęczaka na trzy lata i osiem miesięcy więzienia. "W sprawie doszło do istotnego naruszenia przepisów proceduralnych" - wskazał w uzasadnieniu SN. Sąd ten podzielił m.in. argument kasacji, w którym obrońca wskazał m.in. na niewzięcie pod uwagę przez SA wątpliwości dowodowych, które pojawiły się w sprawie już po wyroku I instancji.
SN wyjaśnił, że chodzi o oddalenie w drugiej instancji wniosku dowodowego obrony odnoszącego się do nowych - korzystnych dla Pęczaka - wyjaśnień b. prezesa Funduszu. Zeznając w innej sprawie, już po wyroku I instancji dotyczącym niegospodarności w Funduszu, osoba ta miała odwołać wcześniejsze wyjaśnienia - niekorzystne dla byłego posła. "Obowiązkiem sądu apelacyjnego było ustalić, czy nie doszło do zachwiania podstawy orzeczenia" - wskazał SN. W styczniu 2009 r. łódzki sąd okręgowy skazał Pęczaka na karę czterech lat bezwzględnego więzienia. Prokuratura, która odwołała się od tego wyroku, domagała się dla oskarżonego sześciu lat więzienia. Od wyroku I instancji odwoływała się także obrona. Sąd apelacyjny z powodu zmiany przepisów złagodził karę Pęczakowi. W sprawie było ponad 20 oskarżonych. Spośród nich wniesienie wniosku o kasację przysługiwało jedynie Pęczakowi, który otrzymał karę bezwzględnego więzienia.
Według prokuratury, w wyniku działalności oskarżonych w latach 1999-2000 Fundusz stracił ponad 42 mln zł. Zarzuty im przedstawione dotyczyły m.in. zakupu akcji Banku Częstochowa, udzielenia dwóch pożyczek na zakład utylizacji odpadów poubojowych w Zgierzu należącego do rodziny "króla żelatyny" Kazimierza Grabka oraz udzielenia pożyczki i kupno akcji firmy odzieżowej Pilica w Tomaszowie Mazowieckim.