Nowelizacja zaproponowana przez resort sprawiedliwości dotyczy m.in. zmiany systemu oceniania sędziów i prokuratorów, wzmocnienia pozycji prezesów sądów apelacyjnych i zmian w strukturze organizacyjnej sądów. Od kilkunastu miesięcy zmiany te wywoływały kontrowersje w środowisku prawniczym. Protestują przeciwko nim środowiska sędziowskie i prokuratorskie, krytyczna była też Krajowa Rada Sądownictwa.
Menedżer-zarządca sądu ma odpowiadać za kadrę nie sędziowską i infrastrukturę sądów. Zgodnie z planami przepisy o dyrektorach sądów miałyby wejść w życie dopiero od początku 2013 r. Rok 2012 miałby być natomiast poświęcony na przygotowanie się sądów do tych zmian.
Jedna z poprawek, przyjętych przez Senat przewiduje, że minister sprawiedliwości odwołuje dyrektora sądu, jeżeli zgromadzenie ogólne sędziów apelacji negatywnie zaopiniuje sprawozdanie, dotyczące działalności danego sądu. Senatorowie nie poparli poprawki, by prezes sądu apelacyjnego mógł delegować sędziego sądu rejonowego, sędziego sądu okręgowego albo sędziego sądu apelacyjnego na okres nie dłuższy jednak niż pół roku w ciągu roku.Prezes sądu będzie mógł złożyć wniosek do ministra sprawiedliwości w sprawie odwołania dyrektora sądu; minister będzie mógł także odwołać dyrektora, jeśli zostanie on negatywnie oceniony przez zgromadzenie sędziów apelacji. Sędzia nie może łączyć orzekania w sądzie z wykonywaniem czynności administracyjnych w Krajowej Szkole Sądownictwa i Prokuratury. Na niekonstytucyjność łączenia tych dwóch funkcji zwracał uwagę w opinii przekazanej Senatowi konstytucjonalista prof. Marek Chmaj.
Nowelizacja wprowadza też system indywidualnych ocen pracy sędziów i prokuratorów. W ocenie resortu ma to pomóc słabszym sędziom poprawić orzecznictwo, a także wpłynąć na poprawę jakości funkcjonowania wymiaru sprawiedliwości. Miałyby to być oceny opisowe, które byłyby dołączane do protokołu powizytacyjnego.
Zdaniem organizacji sędziowskich i prokuratorskich system ten może godzić w niezależność sędziów. Komisje nie poparły jednak najdalej idących poprawek, zgłoszonych m.in. przez Związek Zawodowy Prokuratorów i Pracowników Prokuratury i dotyczących całkowitego wykreślenia ocen okresowych.