Nowelizacja ustawy o ustroju sądów wojskowych jest związana z likwidacją komórki organizacyjnej Ministerstwa Sprawiedliwości – Departamentu Sądów Wojskowych, konieczność określenia realizowanego przez ministra zwierzchniego nadzoru nad sądami wojskowymi w zakresie ich organizacji i działalności administracyjnej.
Zakres tego nadzoru powinien odpowiadać rozwiązaniom, które zostały wprowadzone do ustawy z dnia 27 lipca 2001 r. – Prawo o ustroju sądów powszechnychnowelą z dnia 18 sierpnia 2011 r.
Czynności z zakresu nadzoru zewnętrznego będą wykonywane przez Ministra Sprawiedliwości za pomocą służby nadzoru, którą będą stanowić sędziowie sądów wojskowych delegowani do Ministerstwa Sprawiedliwości. Przewiduje się, że zewnętrzny nadzór administracyjny nad działalnością administracyjną sądów obejmie analizę i ocenę prawidłowości oraz skuteczności wykonywania przez prezesów sądów wewnętrznego nadzoru administracyjnego. Ponadto w ramach tego nadzoru będą wykonywane czynności niezbędne ze względu na wystąpienie uchybień w działalności administracyjnej sądów, a także czynności konieczne do wykonywania zadań związanych z reprezentowaniem Rzeczypospolitej Polskiej przed Europejskim Trybunałem Praw Człowieka, w zakresie spraw dotyczących działalności sądów. W ramach zewnętrznego nadzoru administracyjnego Minister Sprawiedliwości będzie analizował informacje roczne o działalności sądów, ustalał ogólne kierunki nadzoru administracyjnego wykonywanego przez prezesów wojskowych sądów okręgowych, a także kontrolował wykonywanie obowiązków nadzorczych przez prezesów wojskowych sądów okręgowych oraz wydawał stosowne zarządzenia. W przypadku stwierdzenia istotnych uchybień w działalności administracyjnej sądu lub niewykonania przez prezesa wojskowego sądu okręgowego zarządzeń Minister Sprawiedliwości będzie mógł zarządzić przeprowadzenie lustracji sądu lub wydziału sądu bądź lustracji działalności nadzorczej prezesa sądu. W ramach kontroli uprzedniej Minister Sprawiedliwości będzie analizował prawidłowość planów nadzorczych poszczególnych sądów, przedstawianych przez prezesów wojskowych sądów okręgowych, a także będzie ustalał ogólne kierunki nadzoru administracyjnego, które będą opracowywane z uwzględnieniem wyników analizy informacji rocznych o działalności sądów. Kontrola następcza będzie natomiast realizowana przez analizę informacji rocznych o działalności sądów wojskowych na obszarze okręgu składanych przez prezesów wojskowych sądów okręgowych Ministrowi Sprawiedliwości. Minister Sprawiedliwości będzie mógł zażądać uzupełnienia przedstawionej informacji rocznej lub złożenia wyjaśnień.