Jak wynika z komunikatu ETPCz, Alojzy Formela prowadził działalność gospodarczą, będąc zarejestrowanym jako podatnik podatku VAT. W latach 2001 – 2002 zwarł szereg umów ze swoimi dostawcami. Organy podatkowe zakwestionowały rozliczenia dokonane z dwoma kontrahentami Skarżącego – Spółką K i Spółką S, w oparciu o obowiązujące w tamtym czasie przepisy rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. W konsekwencji wydanych przez organy podatkowe decyzji oraz utrzymujących je w mocy wyroków sądów administracyjnych, skarżący został zobowiązany do ponownej zapłaty podatku VAT.
W 2004 roku, organ podatkowy w Kartuzach przeprowadził kontrolę podatkową u skarżącego oraz sprawdził prawidłowość rozliczeń podatkowych u jego kontrahentów. U jednego z nich - spółki K. ustalono, że w ciągu czerech z osiemnastu kontrolowanych miesięcy spółka ta zadeklarowała niższą wysokość podatku VAT niż skarżący. Z tego powodu organ podatkowy zakwestionował prawidłowość rozliczeń podatku po stronie firmy Formeli. W efekcie naczelnik Urzędu Skarbowego w Kartuzach zobowiązał Formelę do ponownego uregulowania podatku VAT z tytułu dostaw otrzymanych od Spółki K. w wysokości 54,315 złotych wraz z odsetkami. Zdaniem urzędu naruszył on przepisy ustawy o podatku VAT ponieważ wystawca faktur – spółka K. nie posiadała kopii faktur sprzedaży, umożliwiających odliczenie podatku VAT, do których odtworzenia zobowiązała się po tym, jak zgłosiła kradzież swojej dokumentacji księgowej.
Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku, do którego odwołał się Formela stwierdził, że wystawca faktur – spółka K. nie odtworzyła utraconej w wyniku kradzieży dokumentacji księgowej za lata 2000-2001, mimo iż się do tego zobowiązała, a zatem nie istnieją dokumenty pozwalające zweryfikować dane z deklaracji podatkowych konkretnych faktur VAT, co uniemożliwia obniżenie podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego przez firmę skarżącego. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Kartuzach, a Naczelny Sąd Administracyjny oddalił 13 marca 2006 roku skargę kasacyjną podatnika.
W trakcie kontroli podatkowej w firmie Formeli zakwestionowano także jego rozliczenia z innym dostawcą – spółką S. Ustalono, że w czasie dokonywanych transakcji spółka ta nie była zarejestrowana jako czynny podatnik podatku VAT. Urząd Skarbowy w Kartuzach zakwestionował więc zasadność obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z faktur dokumentujących transakcje ze spółką S przez firmę Formeli stwierdzając, że zgodnie z obowiązującym Rozporządzeniem MF (§ 50 ust. 4 pkt 1 lit. a Rozporządzenia MF), Skarżącemu nie przysługiwało prawo do obniżenia należnego podatku VAT ponieważ faktury były wystawione przez podmiot nie uprawniony do ich wystawienia. Także w tym przypadku odwołania i skargi do sądów administracyjnych nie dały rezultatu.
W skardze do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka (skarga nr 31651/08), Alojzy Formela zarzucił Polsce naruszenie art. 1 Protokołu 1 do Konwencji (prawa do własności) oraz art. 6 ust.1 Konwencji (prawa do rzetelnego procesu sądowego). W przypadku chodzi mu o to, że pomimo dotrzymania wszystkich własnych zobowiązań zgłaszania podatku VAT, władze skarbowe odmówiły mu prawa do obniżenia należnego podatku VAT z otrzymanych dostaw dóbr, z uwagi na to, że jego dostawcy nie dotrzymali lub spóźnili się z dotrzymaniem własnych zobowiązań zgłaszania podatku VAT. Co więcej, zdaniem skarżącego w rezultacie tej odmowy obniżenia podatku został on bezpodstawnie zmuszony do powtórnej zapłaty należnego podatku VAT, tym razem bezpośrednio do budżetu państwa w wysokości oszacowanego podatku wraz z odsetkami. Skarżący zarzucił także naruszenie Artykułu 6 Konwencji, ponieważ jego zdaniem procedura szacowania należności podatkowej była niesprawiedliwa.
Źródło: Klinika „Prawa człowieka a podatki” Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka