Zaproponowano, aby PKP Polskie Linie Kolejowe SA, jako zarządca narodowej infrastruktury kolejowej, występowały o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej o znaczeniu państwowym. Mają zastąpić w tej roli Ministra Infrastruktury, który obecnie jest pośrednikiem między inwestorem (PKP PLK) a wojewodą, wydającym taką decyzję, co wydłuża czas jej wydania. Wojewoda będzie też zawiadamiał właścicieli i użytkowników wieczystych nieruchomości o wszczęciu postępowania w sprawie wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej. Jeśli decyzja taka zostanie wydana, stanie się automatycznie decyzją wywłaszczeniową.
Zgodnie z nowymi przepisami, PKP PLK - z dniem uprawomocnienia się decyzji - nabywać będą prawo użytkowania wieczystego gruntów wydzielonych pod linie kolejowe oraz prawo własności budynków, innych urządzeń i lokali na nich się znajdujących. Dochód uzyskany przez PKP PLK z tytułu nabycia ww. praw ma być zwolniony z podatku dochodowego.
Przewidziano także zwolnienie PKP PLK z opłat za nabyte prawo użytkowania wieczystego gruntów. Zwolnienia te nie stanowią pomocy publicznej, czyli nie zakłócą konkurencji na rynku Unii Europejskiej.
W nowych przepisach uregulowano także kwestię wypłaty odszkodowań za przejęte nieruchomości. Założono, że będą one wypłacane przez PKP PLK, a nie jak dotychczas przez Skarb Państwa.Zaproponowano, aby ustalenie wysokości odszkodowania odbywało się na zasadzie negocjacji PKP PLK z właścicielami lub użytkownikami wieczystymi. Decyzja administracyjna w tej sprawie wydawana byłaby jedynie w przypadku niepowodzenia negocjacji. Oznacza to odciążenie wojewodów od prowadzenia postępowań administracyjnych i przyspieszenie wypłacania odszkodowań. Obecnie odszkodowanie ustalane jest w drodze decyzji administracyjnej.
Zaproponowano, aby odszkodowanie za wywłaszczenie było wyższe od wartości ustalonej przez rzeczoznawcę majątkowego: o 5 proc., gdy dotychczasowy właściciel lub użytkownik wieczysty niezwłocznie przekaże nieruchomość i opróżni pomieszczenia, o 10 tys. zł, za nieruchomość z budynkiem mieszkalnym albo budynkiem, w którym wydzielono mieszkania.
Zamierzeniem jest, aby odszkodowanie pozwoliło odtworzyć w innym miejscu stan posiadania sprzed wywłaszczenia. Analogiczne rozwiązanie przewidziano w projekcie nowelizacji ustawy o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych. W 2009 r. maksymalne koszty wykupu nieruchomości pod linie kolejowe oszacowano na ok. 120 mln zł.
Oficjalne źródła: Ministerstwo Infrastruktury.