Do 1 stycznia 2006 roku Polska miała czas na dostosowanie się do wymogów europejskich w zakresie akcyzy pobieranej od energii elektrycznej. Zgodnie z przepisami dyrektywy energetycznej akcyza od energii elektrycznej staje się wymagalna dopiero w momencie dostawy przez dystrybutora. Polskie prawo stanowiło natomiast, że obowiązek podatkowy powstawał z dniem wydania energii. Ten sprzeczny z prawem UE przepis został zmieniony dopiero 1 marca 2009 r., gdy weszła w życie nowelizacja ustawy o akcyzie.

Dla większości ekspertów podatkowych sprawa była oczywista. Już od 2005 r. ostrzegano Ministerstwo Finansów, że opieszałość w dostosowaniu polskich przepisów może kosztować budżet państwa wiele miliardów złotych. Również Rada Podatkowa PKPP Lewiatan wielokrotnie publicznie zabierała głos w tej sprawie (m.in. w 2007 r. na konferencji poświęconej podatkowi akcyzowemu z udziałem przedstawicieli MF). wzywając do natychmiastowej implementacji przepisów europejskich.  Wiele zakładów energetycznych wystąpiło o zwrot podatku zapłaconego przed zmianą ustawy. Urzędy Celne odmawiały zwrotu używając argumentu, że zwrot się nie należy, bo podatek został przerzucony na odbiorcę energii. Wojewódzkie Sądy Administracyjne wielokrotnie orzekały na korzyść podatników uznając, że państwo polskie nie miało prawa pobierać akcyzy od producentów energii.  12 lutego br. Europejski Trybunał Sprawiedliwości orzekł, że polskie przepisy o akcyzie są niezgodne z unijnymi. Natomiast w lipcu br. NSA orzekł, że art. 72 ordynacji podatkowej "nie stoi na przeszkodzie zwrotowi nadpłaty w podatku akcyzowym, także wtedy, gdy ciężar podatku poniósł nabywca opodatkowanego towaru".

Ministerstwo Finansów próbując naprawić swój oczywisty i kardynalny błąd próbuje wszystkimi możliwymi sposobami ograniczyć zwrot niesłusznie pobieranego podatku. Z jednej strony zaproponowano projekt z dnia 31 lipca 2009 r. ustawy o zwrocie nadpłaty w podatku akcyzowym zapłaconym z tytułu sprzedaży energii elektrycznej w okresie od 1 stycznia 2006 r. do 28 lutego 2009 r., w którym ogranicza się zwrot akcyzy wyłącznie do wysokości podatku akcyzowego zapłaconego od sprzedaży części energii elektrycznej stanowiącej straty przesyłowe. Jednocześnie MF przedstawiło Założenia do projektu zmiany ustawy Ordynacja Podatkowa, w którym stosuje środki daleko wykraczające poza problematykę akcyzy. Propozycja zmian w Ordynacji sięga do wszelkich podatków pośrednich (a więc przede wszystkim podatku VAT) zmierzając wprost do likwidacji jednego z oczywistych i podstawowych uprawnień podatników - prawo do zwrotu podatku niesłusznie zapłaconego. - Brak przejrzystości polskiego systemu podatkowego od lat jest bolączką przedsiębiorców, którzy na skutek błędnych rozstrzygnięć, ale także nieprecyzyjnych przepisów, muszą płacić podatki, które po weryfikacji sądowej, często okazują się nienależne. Dziś podatnik może odzyskać taki nadpłacony podatek. Proponowane zmiany w Ordynacji zmierzają do wprowadzenia uregulowań, które wyłączą możliwość uzyskania nadpłaty w podatkach pośrednich w sytuacji, gdy podatnik, który zapłacił nienależny podatek, przeniósł jego ekonomiczny ciężar na nabywców - napisano w komunikacie PKPP Lewiatan.

Ministerstwo Finansów próbując naprawić nieudolność wykazaną w latach 2005-2008 w zakresie implementacji prawa europejskiego odnośnie akcyzy, nie patrząc na konsekwencje swoich propozycji, może postawić tysiące małych i średnich przedsiębiorców w trudnej, nierzadko wręcz dramatycznej sytuacji, ograniczając niemalże w 100% możliwość zwrotu niesłusznie pobranych podatków pośrednich (nie tylko w „winnej w sprawie” akcyzy, ale również podatku VAT). - Należy podkreślić, że proponowana nowelizacja ma charakter doraźny i wyraźnie profiskalny oraz jest skrajnym przykładem manipulacji przy przepisach, wyłącznie w celu zapobieżenia konsekwencjom opóźnienia w implementacji dyrektywy akcyzowej. Jest to więc próba przerzucenia na podatników i obywateli konsekwencji działań organów państwa, co w świetle art. 2 oraz art. 77 ust. 1 Konstytucji RP należy uznać za niedopuszczalne - napisano w komunikacie.