Na tym tle powstały dwa zagadnienia. Mianowicie - czy w świetle przepisów Konstytucji RP przyjęcie tego projektu wymaga uprzedniego zawarcia umowy między Polską a odpowiednim organem Kościoła Katolickiego oraz wskazania materii, w których regulacje ustawowe wymagają zawarcia takich umów. Drugie pytanie zmierza do uściślenia, czy we wszystkich sprawach, które mogą dotyczyć funkcjonowania i działalności konkretnego kościoła wymagane jest zawarcie umowy z odpowiednim organem tego kościoła przed wystąpieniem z inicjatywą ustawodawczą.
Rada Legislacyjna w pełni podziela stanowisko Trybunału Konstytucyjnego zaprezentowane w wyroku z 2 kwietnia 2003 r., (sygn. K 13/02), w którym Trybunał rozciągnął wymóg uprzedniego zawarcia przed uchwaleniem ustawy kościelnej umowy z odpowiednim organem danego kościoła również na regulacje stosunków Rzeczypospolita Polska – Kościół Katolicki.
Rada Legislacyjna uważa, że jeszcze przed nowelizacją ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej powinno dojść do zawarcia umowy między rządem a Konferencją Episkopatu Polski co do treści wspomnianej nowelizacji ustawy.
Jeśli zaś idzie o zawieranie umów w konkretnych sprawach z kościołami to można do ustawy o stosunkach państwo-kościół włączyć postanowienia dotyczące także i innych kwestii. W takim jednak przypadku zmiana także i tych treści ustawowych, wykraczających poza konieczny, wspólny rdzeń regulacyjny ustaw kościelnych, wymaga dojścia do skutku w tym samym trybie, jaki przewidziany jest w art. 25 ust. 4 i 5 Konstytucji, również z uwzględnieniem uprzedniego zawarcia umowy między Radą Ministrów a odpowiednim organem danego kościoła.
Szczegółowość natomiast umowy zawartej między rządem a odpowiednim organem danego kościoła lub związku wyznaniowego pozostawiona jest uznaniu obu stron. Może ona przybrać zarówno formę akceptacji ogólnych kierunków proponowanych zmian, jak i porozumienia co do konkretnych treści propozycji legislacyjnych.
Czytaj także: Rząd przyjął projekt kończący prace Komisji Majątkowej