Ustawa o kontroli w administracji rządowej określa w art. 1 i 2 krąg podmiotów, wobec których ma zastosowanie. Należą do nich organy administracji rządowej, urzędy je obsługujące, organy samorządu terytorialnego oraz  inne podmioty wykonujące zadania administracji rządowej, w zakresie w jakim zadania te są finansowane z budżetu państwa.W opinii KRS niedopuszczalna jest wykładnia rozszerzająca w sposób dowolny krąg podmiotów, wobec których ustawa winna być stosowana.
Krajowa Rada Sądownictwa przypomina, że zasady i zakres nadzoru ministra sprawiedliwości nad sądami powszechnymi określa ustawa - Prawo o ustroju sądów powszechnych. Co więcej zastosowanie przepisów ustawy z 15 lipca 2011 r. do przeprowadzenia kontroli w sądach nie było intencją ustawodawcy w trakcie trwania procesu legislacyjnego. Wynika to z faktu nie przedstawienia jej projektu do zaopiniowania Krajowej Radzie Sądownictwa - czytamy piśmie Rady.
W połowie listopada 2011 r. Zarząd Stowarzyszenia Sędziów Polskich "Iustitia" został zaalarmowany przez członków Stowarzyszenia, że urzędnicy Ministerstwa Sprawiedliwości wydali i rozesłali drogami służbowymi do wszystkich sądów, począwszy od apelacyjnych poprzez okręgowe do rejonowych, polecenie przygotowania sie do stosowania w sądach ustawy z dnia 15 lipca 2011 r. o kontroli w administracji rządowej. Ustawa ta, sformułowana i wprowadzona z myślą o administracji państwowej, nie była nigdy traktowana jako dotycząca sądownictwa. W myśl zasady "Państwo musi mieć nad wami kontrolę", sformułowanej przez posła-sprawozdawcę ostatniej zmiany u.s.p., urzędnicy Ministerstwa Sprawiedliwości podjęli jednak próbę poddania sądów kontroli przewidzianej dla urzędników.
     "Iustitia" zareagowała uchwałą, w której wystąpiła do konstytucyjnego organu powołanego do ochrony niezawisłości sędziowskiej - Krajowej Rady Sądownictwa - o zajęcie stanowiska w sprawie.
.