W listopadzie ubiegłego roku krakowski sąd uznał, że Marian Grzybowski złożył zgodne z prawdą oświadczenie lustracyjne, że nie pracował, nie pełnił służby i nie współpracował z organami bezpieczeństwa państwa w latach 1944-1990.
Według sądu, ustalone w toku procesu lustracyjnego kontakty lustrowanego z wywiadem wojskowym PRL związane były z jego pobytem stypendialnym w Norwegii w latach 1978-1979. Lustrowany na prośbę wywiadu zebrał i dostarczył pewną liczbę jawnych dokumentów, w tym norweską ustawę o policji oraz artykuł z prasy duńskiej o służbach specjalnych. Pomimo tego – zdaniem sądu - nie można przyjąć, by był on tajnym i świadomym informatorem lub pomocnikiem przy operacyjnym zdobywaniu informacji, gdyż współpraca ta nie zmaterializowała się: działania Mariana Grzybowskiego nie były wywiadowczo użyteczne, zaś dostarczone przezeń materiały i informacje były bezwartościowe operacyjnie i nie miały znaczenia dla pracy wywiadu.
Ze stanowiskiem tym nie zgadza się Biuro Lustracyjne IPN w Krakowie. W apelacji od wyroku, która właśnie wpłynęła do Sądu Okręgowego, zarzuca sądowi dowolną i wybiórczą analizę materiału, pominięcie treści szeregu dowodów i nieuwzględnienie innych przemawiających na niekorzyść lustrowanego, oraz bezkrytyczne podejście do jego wyjaśnień.
Zdaniem IPN sąd pierwszej instancji niewłaściwie ocenił wartość operacyjną materiałów dostarczanych przez lustrowanego wywiadowi wojskowemu oraz przebieg i charakter kontaktów; pominął też ocenę dostarczonych materiałów dokonaną przez ówczesne służby. Nienależycie również umotywował swoje stanowisko.
Wskazując na "ustalone szczegóły współpracy - jak sprecyzowanie potrzeb, wyznaczenie kontaktu w Oslo i zorganizowanie kanału przerzutowego, pozytywną ocenę materiałów, podziękowania oraz bezproblemowe rozliczenie wydatków związanych ze zwrotem kosztów" IPN stwierdza, że "materiały zamówione i otrzymane od Mariana Grzybowskiego były wywiadowi potrzebne i ocenione zostały jako wartościowe". Zdaniem IPN nie ma też żadnych wątpliwości, że Marian Grzybowski od samego początku co najmniej godził się na wykonywanie postawionych mu zadań.
IPN wniósł o uchylenie orzeczenia sądu pierwszej instancji i przekazanie sprawy sądowi do ponownego rozpoznania.
W 2007 roku w trakcie badania konstytucyjności ustawy lustracyjnej poseł PiS Arkadiusz Mularczyk oświadczył, że dwóch sędziów TK było zarejestrowanych jako źródła informacji wywiadu PRL. Sędziowie - Adam Jamróz i Marian Grzybowski - zostali wówczas wyłączeni ze składu Trybunału przez prezesa TK Jerzego Stępnia. Grzybowski wyjaśniał, że nie współpracował ze służbami i że po powrocie ze stypendiów na Uniwersytet Jagielloński składał "rutynowe sprawozdania z pobytu w biurze współpracy zagranicznej UJ".
W 2010 roku o uznanie prawnika za kłamcę lustracyjnego wystąpił IPN. W listopadzie ubiegłego roku Sąd Okręgowy w Krakowie oczyścił Mariana Grzybowskiego z zarzutów. Apelację Biura Lustracyjnego w Krakowie rozpozna Sąd Apelacyjny w Krakowie.