Projekt zakłada m.in., że w celu rea|izacji zadań w zakresie przeciwdziałania korupcji organy Służby Celnej będą mogły zbierać i wykorzystywać niezbędne informacje zawierające dane osobowe, oraz przetwarzać je, także bez wiedzy i zgody osoby, której dane dotyczą. Ponadto zgodnle z projektem Służba Celna będzie mogła w realizacji wyżej wskazanego celu korzystać z informacji uzyskanych przez uprawnione organy, służby i instytucje państwowe w wyniku wykonywania czynnoŚci operacyjno-rozpoznawczych, a funkcjonariusze celni będą mogli uczestniczyć w realizowanych przez inne słuzby czynnościach operacyjno - rozpoznawczych. Zdaniem Helsińskiej Fundacji Praw człowieka krytycznie należy ocenić brak jakiegokolwiek uzasadnienia dla proponowanej zmiany, zwłaszcza, że dochodzi tu do zmian w uprawnieniach Słuiby Celnej w sferze ingerencji w gwarantowane konstytucyjnie: prawo do ochrony życia prywatnego (art. 47 Konstytucji RP) oraz zasady ochrony autonomii informacyjnej jednostki (art. 51 Konstytucji RP).
W liście do ministra finansów eksperci Fundacji przywołują też inny fragment projektu, z którego wynika, że Służba Celna ma otrzymywać od przewoźników lotniczych i morskich informacje dotyczące pasażerów znajdujących się na pokładzie statku powietrznego lub statku morskiego przybywającego na terytorium RP. W uzasadnientu projektu wskazuje się, że "wprowadzenie powyższej regulacji będzie służyło efektywnej realizacji zadań Służby Celnej, w szczególności przyczyni się do
zwalczania przestępstw i wykroczeń, oraz przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych. Organy Służby Celnej mając dostęp do danych pasażerów jeszcze przed lądowaniem statku powietrznego lub przybyciem statku morskiego do portu na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, będą mogły podjąć odpowiednie działania, mające na celu wykrycie i zapobteżenie ewentualnym naruszeniom prawa". - Na tym uzasadnienie proponowanej zmiany poprzestaje, jednocześnie całkowicie pomijając kwestię ingerencji w prawo do ochrony życia prywatnego oraz ochrony danych osobowych pasazerów, których dane będą w wyżej opisany sposób pozyskiwane - ubolewają autorzy opinii skierowanej do ministra finansów.
Fundacja Helsińska przestrzega przed zbyt dużymi uprawnieniami Służby Celnej
Proponowane przez Ministerstwo Finansów zmiany w ustawie o Służbie Celnej mają zwiekszyć skuteczność tej instytucji. Jednak Helsińska Fundacja Praw Człowieka wskazuje na brak w tym projekcie należytego poszanowania dla praw i wolności obywatelskich.