Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy zwolnieniu od podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT podlega wynagrodzenie za pracę wypłacane pracownikowi Instytutu za realizację w ramach stosunku pracy projektu tego Instytutu finansowanego z bezzwrotnych środków pomocowych Unii Europejskiej.
WSA w Poznaniu w wyroku z 6 marca 2009 r., I SA/Po 1502/09, LEX nr 522471 uznał, że pracownik Instytutu nie uzyskał dochodu pochodzącego ze środków bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej, bowiem wypłacone mu wynagrodzenie pochodziło ze środków pracodawcy. Późniejsze ewentualne refinansowanie pracodawcy ze środków unijnych wydatków poniesionych na wynagrodzenia pracowników realizujących zadania związane z projektem, nie może wpływać na powstałe już wcześniej zobowiązanie podatkowe pracownika, ponieważ jego dochód, który już uzyskał, nie ulega przekształceniu na dochód pochodzący z innego źródła, niż wynagrodzenie za pracę. Zdaniem WSA oznacza to, że dochód podatnika - pracownika nie pochodzi ze środków wskazanych w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT. WSA zauważył również, że na wysokość osiągniętego przez skarżącego dochodu ze stosunku pracy nie ma żadnego wpływu, czy Instytut otrzymał środki z Unii Europejskiej na refundację kosztów czy też nie, ponieważ zawsze realizacja przekazu środków unijnych na konto Instytutu następowała po wypłacie wynagrodzenia.
Naczelny Sąd Administracyjny uchylił jednak ten wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania uznając, że sposób wypłaty środków finansowych pochodzących z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej jest kwestią techniczną. Kluczowe znaczenie ma ustalenie podmiotu, który ostatecznie ponosi ekonomiczny ciężar bezzwrotnej pomocy. Zatem pogląd Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu oraz WSA w Poznaniu nie zasługuje na aprobatę.
(II FSK 1067/09, LEX nr 610309)
Artykuł pochodzi z programu System Informacji Prawnej LEX on-line