Jak wynika z uzasadnienia do projektu rozporządzenia obecny limit 10.000 euro znacząco ogranicza samodzielność Zakładu jako odrębnego podmiotu posiadającego osobowość prawną.
Kolejna zmiana wynika z przejęcia przez Ministra Gospodarki od Ministra Skarbu Państwa nadzoru i funkcji organu założycielskiego w stosunku do Zakładu Unieszkodliwiania Odpadów Promieniotwórczych, co znalazło odzwierciedlenie w treści ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. Prawo atomowe (Dz. U. z 2012 r., poz. 264 ze zm.). W konsekwencji w ramach nowelizacji w rozporządzeniu w sprawie dotacji podmiotowej i celowej, opłat oraz gospodarki finansowej przedsiębiorstwa państwowego użyteczności publicznej – „Zakład Unieszkodliwiania Odpadów Promieniotwórczych” zmienione zostanie wskazanie właściwego ministra wykonującej nadzór nad zakładem – na ministra właściwego do spraw gospodarki. Rozporządzenie w obecnym brzmieniu wskazuje bowiem Ministra Skarbu Państwa jako nadzorującego Zakład.
W rozporządzeniu zmieniającym dokonano również zmiany częstotliwości składania przez Zakład raportów cząstkowych z wykorzystania dotacji podmiotowej. Obecnie Zakład ma obowiązek składania raportów cząstkowych co miesiąc. W efekcie zmiany raporty cząstkowe będą musiały być składane kwartalnie –do 20 dnia miesiąca następującego po upływie kwartału. Wprowadzono również zmiany doprecyzowujące.
Rozporządzenie zmieniające wejdzie w życie po upływie 14 dni od ogłoszenia – t. j. z dniem 1 czerwca 2013 r.