W ramach tych odszkodowania KGHM zwraca swoim pracownikom koszty leczenia, rehabilitacji oraz - jeśli to konieczne - koszty przekwalifikowania do innego zawodu. Podstawą są rachunki i faktury przedstawione przez poszkodowanych. Obowiązek zwrotu tych kosztów przez KGHM wynika z kodeksu cywilnego.
Oddział spółki KGHM z Polkowic spytał Izbę Skarbową w Poznaniu, czy takie wypłaty będą zwolnione z podatku dochodowego. Izba uznała, że nie, bo - jak stwierdziła - odszkodowania za wypadki przy pracy są przychodem pracowników i trzeba od nich zapłacić podatek.
Spółka nie zgodziła się z izbą. Argumentowała, że zgodnie z ustawą o PIT zwolnione z podatku są wszystkie odszkodowania lub zadośćuczynienia pracownicze, jeśli ich wysokość i zasady ustalania wynikają z innych ustaw. W tym wypadku - jak twierdziła spółka - taką odrębną ustawą jest kodeks cywilny. Spółka przypomniała, że w 2005 r. dostała już od Urzędu Skarbowego we Wrocławiu korzystną dla niej interpretację w podobnej sprawie.
Izba uznała jednak, że kodeks cywilny nie określa precyzyjnie wysokości odszkodowań, ani zasad ich ustalania i dlatego nie mogą być one zwolnione z PIT.
Polkowicki oddział KGHM zaskarżył tę interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu, a sąd przyznał mu rację. Orzekł, że odszkodowania przyznane na podstawie kodeksu cywilnego są zwolnione od podatku, bo kodeks wystarczająco jasno określa zasady ustalania odszkodowania.
Izba skarbowa złożyła skargę kasacyjną od tego wyroku, ale w piątek Naczelny Sąd Administracyjny również oddalił jej skargę (sygn. II FSK 2008/11).
Uzasadniając wyrok, sędzia Anna Maria Świderska wyjaśniła, że kodeks cywilny określa dokładnie zasady wypłacania odszkodowań; m.in. wskazuje, że na żądanie pracownika pracodawca musi wyłożyć z góry sumę potrzebną na koszty leczenia, a udokumentowaniem tych wypłat są faktury, przedłożone przez pracowników, a nie np. ugoda z pracownikiem. Sędzia dodała, że gdyby odszkodowania były wypłacane na podstawie umów lub ugód innych niż ugody sądowe, to wtedy pracownicy musieliby zapłacić od nich podatek.
Na przepis dotyczący zwolnienia z PIT odszkodowań pracowniczych zwrócił uwagę Sejmowi i rządowi Trybunał Konstytucyjny w postanowieniu sygnalizacyjnym. Trybunał stwierdził, że w przepisie tym jest luka, bo brakuje w nim zwolnienia z PIT odszkodowań przyznawanych na podstawie układów zbiorowych pracy oraz innych porozumień pracowniczych. Według TK one również powinny być zwolnione z podatku, bo układy zbiorowe pracy oraz inne porozumienia pracownicze są źródłem prawa pracy i obowiązują bezpośrednio w stosunkach pracy, tak jak przepisy ustaw, rozporządzeń czy prawa międzynarodowego.