Zgodnie z r.b.h.s. kierownik urzędu celnego ma obowiązek chronić życie i zdrowie funkcjonariusza celnego, poprzez zapewnienie mu bezpiecznych i higienicznych warunków służby przy odpowiednim wykorzystaniu osiągnięć nauki i techniki. Ochrona życia i zdrowia funkcjonariusza powinna polegać na organizowaniu służby w sposób zapobiegający wypadkom, chorobom zawodowym i innym schorzeniom związanym z warunkami służby, w szczególności poprzez zapewnienie pełnienia służby w budynkach i pomieszczeniach, które spełniają wymagania i normy odpowiednie do rodzaju wykonywanych czynności oraz liczby funkcjonariuszy, a następnie utrzymanie tych budynków, pomieszczeń, stanowisk służbowych, pojazdów, maszyn oraz innych urządzeń technicznych i instalacji, we właściwym stanie. Celnicy powinni mieć stworzone właściwe warunki higieniczno-sanitarne oraz udostępnione niezbędne środki higieny osobistej, właściwie zorganizowane stanowiska służbowe z odpowiednim wyposażeniem technicznym, gwarantującym bezpieczne wykonywanie czynności służbowych. Funkcjonariusze celni powinni być zaopatrzeni w niezbędne środki ochrony indywidualnej, zapewniające neutralizację zagrożeń i prawidłową ochronę oraz w odzież i obuwie robocze. Powinni być zapoznawani z przepisami i zasadami dotyczącymi bezpiecznego wykonywania czynności służbowych oraz powinni otrzymywać stosowne instrukcje w tym zakresie. Ponadto kierownik urzędu celnego ma obowiązek informować pracowników o zagrożeniach, systemie udzielania pomocy przedmedycznej i ewakuacji w przypadku wystąpienia bezpośredniego zagrożenia dla życia i zdrowia, zapewnić wykonanie zaleceń wydawanych przez funkcjonującą w urzędzie służbę bhp oraz przez inne uprawnione podmioty, a także zapewnić przestrzeganie przez funkcjonariuszy przepisów i zasad z zakresu bezpieczeństwa i higieny służby.

Obowiązkiem przełożonego funkcjonariusza celnego jest organizowanie wykonywania zadań przez podległych funkcjonariuszy przy zapewnieniu bezpiecznych i higienicznych warunków służby, informowanie funkcjonariuszy o prawidłowych metodach wykonywania czynności służbowych, występujących zagrożeniach i sposobach postępowania w sytuacjach awarii lub zagrożenia, egzekwowanie przestrzegania przez podległych funkcjonariuszy przepisów z zakresu bezpieczeństwa i higieny służby, organizowanie służby z uwzględnieniem zabezpieczenia funkcjonariuszy przed wypadkami, chorobami zawodowymi i innymi schorzeniami związanymi z wykonywaniem obowiązków służbowych, informowanie funkcjonariuszy o sposobie posługiwania się środkami ochrony indywidualnej oraz zapewnienie wykonania zaleceń lekarza sprawującego opiekę zdrowotną nad funkcjonariuszami.

Natomiast zgodnie z r.b.h.s., funkcjonariusz jest obowiązany przestrzegać zasad i przepisów bezpieczeństwa i higieny służby, w szczególności znać przepisy oraz zasady bezpiecznego wykonywania czynności i zadań służbowych, wykonywać te czynności zgodnie z tymi przepisami i zasadami oraz stosować się do wydawanych w tym zakresie poleceń przełożonych, znać przepisy oraz zasady posługiwania się przydzielonym wyposażeniem technicznym, brać udział w szkoleniach i poddawać się egzaminom ze znajomości zagadnień i przepisów z dziedziny bezpieczeństwa i higieny służby, dbać o należyty stan powierzonego sprzętu, narzędzi i urządzeń oraz porządek i ład w miejscu pełnienia służby, stosować środki ochrony zbiorowej, a także używać przydzielonych środków ochrony indywidualnej oraz odzieży i obuwia roboczego zgodnie z ich przeznaczeniem, a po ich użyciu zwrócić je osobie odpowiedzialnej za ich stosowanie, poddawać się wstępnym, okresowym i kontrolnym oraz innym zleconym badaniom lekarskim i stosować się do wskazań lekarskich, współdziałać ze swoim przełożonym w wypełnianiu obowiązków dotyczących bezpieczeństwa i higieny służby, nie powodować odłączenia, zmiany lub usuwania urządzeń bezpieczeństwa zainstalowanych na maszynach, przyrządach, narzędziach, instalacjach i budynkach oraz stosować i wykorzystywać te urządzenia w sposób prawidłowy oraz niezwłocznie informować przełożonego - właściwego do zakresu odpowiedzialności za sprawy bezpieczeństwa i higieny służby - o każdej sytuacji w miejscu pełnienia służby, która może pociągać za sobą poważne i bezpośrednie zagrożenie bezpieczeństwa i higieny służby.

Funkcjonariusz pełniący służbę na stanowisku służbowym, na którym występują szczególne właściwości lub warunki służby, związane z działaniem siły maszyn i urządzeń, substancji toksycznych, wysokich lub niskich temperatur, prądu elektrycznego, mikrofal, hałasu i wibracji oraz promieniowania jonizującego ma obowiązek stosować środki i metody zabezpieczające przed tym działaniem, w szczególności środki ochrony indywidualnej.
Funkcjonariuszowi pełniącemu służbę w okresie zimowym (okres od dnia 1 listopada do dnia 31 marca) na wolnym powietrzu przez co najmniej 4 godziny dziennie należy zapewnić odpowiednio częste wymiany funkcjonariuszy albo możliwość ogrzania się.
W czasie wykonywania zadań służbowych w okolicznościach uzasadnionych stanem wyższej konieczności funkcjonariusz może odstąpić od zasad bezpieczeństwa i higieny służby, z zachowaniem wszelkich dostępnych w danych warunkach zabezpieczeń, jeżeli w jego ocenie, dokonanej w miejscu i czasie wykonywania czynności służbowej, istnieje prawdopodobieństwo uratowania życia ludzkiego lub odwrócenia zagrożenia godzącego w bezpieczeństwo państwa.

Warunkiem dopuszczenia funkcjonariusza do wykonywania zadań na określonym stanowisku służbowym jest odbycie przeszkolenia w zakresie bezpieczeństwa i higieny służby, obejmującego szkolenia wstępne: ogólne - przed podjęciem służby, stanowiskowe - przed dopuszczeniem funkcjonariusza do wykonywania czynności służbowych oraz w przypadku zmiany warunków pełnienia służby lub w przypadku zmiany wyposażenia technicznego funkcjonariusza, oraz szkolenia okresowe (przeprowadzane przez jednostki uprawnione). Pierwsze szkolenie okresowe funkcjonariusz powinien przejść w terminie 12 miesięcy od dnia rozpoczęcia służby, kolejne zaś przeprowadzane są co 5 lat.
Podczas szkolenia oraz podczas ćwiczeń w zakresie stosowania środków przymusu bezpośredniego organizator szkolenia oraz prowadzący ćwiczenia mają obowiązek zapewnić bezpieczną realizację poszczególnych elementów ćwiczeń. Również podczas prowadzenia szkolenia strzeleckiego funkcjonariuszowi należy zapewnić fachową obsługę uzbrojenia, bezpieczną realizację poszczególnych elementów ćwiczeń, sprzęt ratunkowy i przeciwpożarowy, zabezpieczenie medyczne oraz zabezpieczenie terenu ćwiczeń przed dostępem osób postronnych.

W zakresie profilaktycznej ochrony zdrowia kierownik urzędu celnego ma obowiązek zapewnić przeprowadzanie pomiarów czynników szkodliwych dla zdrowia, stosowanie środków zapobiegających schorzeniom i chorobom związanym z warunkami służby. Ponadto powinien przeprowadzać ocenę i dokumentować ryzyko zawodowe oraz informować funkcjonariuszy o ryzyku zawodowym, jakie wiąże się z wykonywanymi przez nich czynnościami służbowymi oraz kierować funkcjonariusza na badania mające na celu określenie braku przeciwwskazań zdrowotnych do pełnienia służby na określonym stanowisku, a w przypadku stwierdzenia takich przeciwwskazań określa funkcjonariuszowi inne stanowisko służbowe.

W razie zaistnienia wypadku podczas pełnienia służby funkcjonariusz, który uległ wypadkowi, a jego stan zdrowia na to pozwala, lub inny funkcjonariusz będący świadkiem wypadku powinni niezwłocznie zawiadomić o zdarzeniu przełożonego, który w ramach dostępnych środków ma obowiązek podjąć niezbędne działania eliminujące lub ograniczające zagrożenie, zapewnić udzielenie pierwszej pomocy i niezwłocznie zawiadomić o zdarzeniu kierownika urzędu, który zapewnia ustalenie w przewidzianym trybie okoliczności i przyczyny wypadku. O każdym śmiertelnym, ciężkim lub zbiorowym wypadku podczas pełnienia służby powinien powiadomić prokuratora.

W zakresie nieuregulowanym rozporządzeniem należy stosować odpowiednio przepisy k.p., w tym m.in. przepisy o prawie powstrzymania się od pracy w sytuacji gdy warunki bhp nie odpowiadają przepisom, o służbie bhp, bezpieczeństwie maszyn i urządzeń, o szkodliwych czynnikach i procesach, o pracach, które powinny być wykonywane przez co najmniej dwie osoby, o zapobieganiu chorobom zawodowym i o profilaktycznych badaniach lekarskich itp. - oczywiście jeżeli funkcjonariusz w czasie wykonywania zadań służbowych wykonuje prace, których te przepisy dotyczą.
Omawiane rozporządzenie weszło w życie z dniem 31 października 2009 r.