Przede wszystkim, trzeba pamiętać, że:

1) przedsiębiorcy, który poniósł szkodę na skutek przeprowadzenia czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, przysługuje odszkodowanie;

2) dowody przeprowadzone w toku kontroli przez organ kontroli z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, jeżeli miały istotny wpływ na wyniki kontroli, nie mogą stanowić dowodu w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karno-skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy.

Organy kontroli zawiadamiają przedsiębiorcę o zamiarze wszczęcia kontroli. Istnieją jednak sytuacje, gdy organ kontrolny nie musi zawiadamiać o zamiarze skontrolowania przedsiębiorcy m.in. kiedy przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia.

Warto też pamiętać, że uzasadnienie przyczyny braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli należy umieścić w książce kontroli i protokole kontroli.

Przy czym:

1) kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli; jeśli kontrola nie zostanie wszczęta w terminie 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, wszczęcie kontroli wymaga ponownego zawiadomienia,

2) na wniosek przedsiębiorcy kontrola może być wszczęta przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia.

Osoby przeprowadzające kontrolę

Czynności kontrolne mogą być:

1) wykonywane przez pracowników organów kontroli po okazaniu przedsiębiorcy albo osobie przez niego upoważnionej legitymacji służbowej upoważniającej do wykonywania takich czynności oraz po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, chyba że przepisy szczególne przewidują możliwość podjęcia kontroli po okazaniu legitymacji;

2) podjęte po okazaniu legitymacji służbowej, na podstawie przepisów szczególnych, jedynie w odniesieniu do przypadków, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia, a także gdy przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego;

3) czynności kontrolne mogą być wykonywane przez osoby niebędące pracownikami organu kontroli, jeżeli przepisy odrębnych ustaw tak stanowią (dotyczy np. nadzoru nad rynkiem kapitałowym).

Książeczka kontroli

Przedsiębiorca ma obowiązek prowadzić i przechowywać w swojej siedzibie książki kontroli oraz upoważnień i protokołów kontroli. Książka kontroli może mieć formę zbioru dokumentów. Książka ta przedsiębiorcy do dokumentowania liczby i czasu trwania kontroli jego działalności.

Książkę kontroli można także prowadzić w formie elektronicznej. Przedsiębiorca, który prowadzi książkę kontroli w formie elektronicznej, dokonuje wpisów oraz aktualizacji danych niej zawartych. Przy czym, domniemywa się, że dane zawarte w książce kontroli prowadzonej w formie elektronicznej znajdują potwierdzenie w dokumentach przechowywanych przez przedsiębiorcę.

Kiedy można przerwać kontrolę?

Organ kontroli może, po pisemnym zawiadomieniu przedsiębiorcy, przerwać kontrolę na czas niezbędny do przeprowadzenia badań próbki produktu lub próbki kontrolnej, jeżeli jedyną czynnością kontrolną po otrzymaniu wyniku badania próbki będzie sporządzenie protokołu kontroli. Czasu przerwy nie wlicza się do limitu czasu kontroli, o ile podczas przerwy przedsiębiorca miał możliwość wykonywania działalności gospodarczej oraz miał nieograniczony dostęp do prowadzonej przez siebie dokumentacji i posiadanych rzeczy, z wyjątkiem zabezpieczonej w celu kontroli próbki (art. 83a u.s.d.g.).

Sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów

Przedsiębiorcy mogą wnosić sprzeciw wobec naruszenia przepisów przy podejmowaniu i wykonywaniu czynności kontrolnych przez organy kontroli.

Sprzeciw może wnieść przedsiębiorca:

1) wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem przepisów:

• art. 79-79b u.s.d.g., tj. dotyczących zasad wszczynania kontroli,

• art. 80 ust. 1 i 2 u.s.d.g., tj. dotyczących obecności kontrolowanego,

• art. 82 ust. 1 u.s.d.g., tj. dotyczących zasad podejmowania więcej niż jednej kontroli, oraz

• art. 83 ust. 1 i 2 u.s.d.g., tj. dotyczących dopuszczalnego czasu trwania kontroli;

2) na piśmie do organu podejmującego i wykonującego kontrolę (o wniesieniu sprzeciwu przedsiębiorca zawiadamia na piśmie kontrolującego);

3) w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli przez organ kontroli (przedsiębiorca musi uzasadnić wniesienie sprzeciwu).

Charakter kontroli u przedsiębiorcy

Przede wszystkim, uregulowania dotyczące kontroli przedsiębiorcy określone w u.s.d.g. należy traktować jako uzupełnienie a nie jako zmianę istniejących regulacji regulujących sytuację podatnika w poszczególnych procedurach kontrolnych (wyrok NSA z dnia 17 listopada 2011 r., II FSK 993/10).

W praktyce często mogą występować wątpliwości, jak traktować kontrole podatkową w stosunku do kontroli przedsiębiorcy według zasad określonych w u.s.d.g. Jak stwierdził NSA: Czym innym jest bowiem postępowanie kontrolne, a czym innym kontrola podatkowa. Pojęć tych nie można utożsamiać, gdyż w świetle przepisów u.k.s., kontrola podatkowa stanowi odrębny rodzaj postępowania, które może być przeprowadzone w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego. (wyrok NSA z dnia 19 stycznia 2012 r., II FSK 2984/11,).