Odpowiedź: jeżeli faktura pierwotna nie została przez nabywcę otrzymana, prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje, co do zasady, w okresie rozliczeniowym otrzymania duplikatu.

Uzasadnienie: przez wiele lat przyjmowano najczęściej, że zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego ocenia się na moment powstania prawa do odliczenia. Prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje zaś, co do zasady, w okresie rozliczeniowym powstania obowiązku podatkowego (u sprzedawcy), nie wcześniej jednak niż w okresie rozliczeniowym otrzymania przez podatnika faktury lub dokumentu celnego (zob. art. 86 ust. 10 w zw. z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm. – dalej u.p.t.u.).
Odmienne stanowisko zajęło jednak Ministerstwo Finansów w broszurze pt. "Nowe zasady odliczania VAT od wydatków związanych z pojazdami samochodowymi" (broszura ta została opublikowana na stronach internetowych Ministerstwa - http://www.mf.gov.pl/). Z broszury tej wynika, że "prawo do odliczenia podatku z tytułu poniesienia wydatku związanego z pojazdem samochodowym (zakup towaru lub usługi) w przypadku merytorycznej zmiany przepisów od dnia 1 kwietnia 2014 r. (...) należy oceniać, co do zasady, w świetle przepisów obowiązujących na moment powstania obowiązku podatkowego u sprzedawcy towaru lub usługi". A zatem zdaniem Ministerstwa Finansów zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego oceniać należy na moment powstania obowiązku podatkowego u sprzedawcy.
Przyjęcie stanowiska zaprezentowanego przez Ministerstwo Finansów (będzie ono najprawdopodobniej reprezentowane również przez organy podatkowe, jednak na dzień dzisiejszy nie można tego jeszcze stwierdzić ze 100% pewnością) byłoby w przedstawionej sytuacji korzystne dla podatnika, gdyż pozwoliłoby mu odliczyć cały VAT z duplikatu faktury dokumentującej zakup paliwa (obowiązek podatkowy z tytułu dostawy tego paliwa powstał bowiem u sprzedawcy przed 1 kwietnia 2014 r.). Natomiast odrzucenie takiego stanowiska oznaczałoby, że podatnik może odliczyć tylko 50% VAT z przedmiotowego duplikatu faktury (gdyż prawo do odliczenia podatku naliczonego z tego duplikatu powstało już na gruncie przepisów obowiązujących od 1 kwietnia 2014 r.; przyjmuje się bowiem, że jeżeli faktura pierwotna nie została przez nabywcę otrzymana, prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje, co do zasady, w okresie rozliczeniowym otrzymania duplikatu).