Negatywne konsekwencje wprowadzenia nowej daniny odczuje nie tylko sama branża handlowa, lecz również jej dostawcy oraz sami klienci. Duże sieci sklepów mają bardzo silną pozycję przetargową w stosunku do swoich kontrahentów i mogą ją wykorzystać do przeniesienia części obciążeń związanych z podatkiem na swoich partnerów biznesowych, którymi bardzo często są stosunkowo małe, lokalne przedsiębiorstwa kontrolowane przez polski kapitał. Korzyści dla finansów publicznych wynikające z wprowadzenia podatku handlowego mogą okazać się niewystarczające w stosunku do rosnących potrzeb budżetu państwa, zwłaszcza mając na względzie fakt, że trzeba się liczyć z pośrednim efektem w postaci pewnego zmniejszenia wpływów z CIT i VAT.
Co prawda zrozumiałe jest poszukiwanie przez rząd środków na sfinansowanie obietnic społecznych. Niemniej jednak wprowadzenie kolejnego podatku, obok już istniejących, dodatkowo komplikuje i tak już nieprzystępny dla przedsiębiorców system podatkowy. Podatek handlowy oznacza dla przedsiębiorców dodatkowe obowiązki i większe koszty prowadzenia działalności gospodarczej.
Polecamy: Od 1 września firmy zapłacą nowy podatek od sprzedaży
Niewydolność polskiego systemu podatkowego może spowodować problemy przedsiębiorców związane z kontaktami z administracją skarbową. Istnieje bowiem ryzyko, że prawidłowe stosowanie nowych przepisów będzie możliwe dopiero po ukształtowaniu się linii interpretacyjnej i orzeczniczej w zakresie nowego podatku.