Przedsiębiorca ewidencjonując wydatki wg metody memoriałowej musi stosować reguły określone w art. 22 ust. 5a-5c ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn.: Dz. U. z 2012 r. poz. 361 z późn. zm.).
Prowadząc PKPiR tą metodą podatnik musi dokonywać podziału kosztów na bezpośrednie i pośrednie. Najogólniej ujmując, koszty bezpośrednie należy ewidencjonować w PKPiR w dacie uzyskania przychodu z nimi związanego, natomiast koszty pośrednie ewidencjonuje się w dacie poniesienia wydatku, za pewnymi wyjątkami, o których mowa dalej.
Ustawodawca przy tym, nie definiuje pojęcia kosztów bezpośrednio związanych z przychodami oraz kosztów innych niż bezpośrednio związanych z przychodami. Zakres tych pojęć jest w każdym przypadku uzależniony od charakteru i specyfiki prowadzonej przez podatnika pozarolniczej działalności gospodarczej.
Za prawidłowy podział kosztów na pośrednie i bezpośrednie odpowiada podatnik. To on znając specyfikę prowadzonej przez siebie działalności gospodarczej musi dokonać oceny czy dany wydatek odnosi się do konkretnego przychodu czy też dotyczy całokształtu prowadzonej działalności gospodarczej.
Za koszty bezpośrednio związane z uzyskiwanymi przychodami, uważa się wydatki ściśle (bezpośrednio) związane z danymi przychodami, jakie osiąga podmiot gospodarczy w związku z charakterem prowadzonej działalności, np. jeżeli przedsiębiorca prowadzi działalność handlową to kosztami bezpośrednimi będą wydatki na nabycie towarów handlowych.
Natomiast do kosztów pośrednich, innych niż bezpośrednio związanych z przychodami, zalicza się wydatki, które nie mają bezpośredniego odzwierciedlenia w osiąganych przychodach, a więc takie, którym nie można przypisać konkretnego przychodu, jakkolwiek ich poniesienie warunkuje ich uzyskanie, np. koszty ogólnoadministracyjne, koszty obsługi bankowej, koszty kredytu bankowego, koszty reklamy, itp. Są to również koszty mające na celu zabezpieczenie bądź zachowanie źródła przychodów. Wydatki o charakterze ogólnym są niewątpliwie związane z osiąganymi przychodami, niemniej nie pozostają w bezpośrednim związku z konkretnymi przychodami. Tym samym nie jest możliwe ustalenie, w którym okresie bądź roku podatkowym wystąpi przychód uzasadniający potrącenie takich kosztów.
Koszty uzyskania przychodów bezpośrednio związane z przychodami, odnoszące się do przychodów danego roku podatkowego, a poniesione po zakończeniu tego roku podatkowego do dnia złożenia zeznania (PIT-36, PIT-36L), są potrącalne w roku podatkowym, za który składane jest zeznanie, czyli w roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody.
Regulacja ta ma walor praktyczny. Jeżeli koszty związane z przychodami danego roku podatkowego zostały poniesione w roku następnym, lecz do czasu złożenia zeznania rocznego za dany rok, to możliwe jest uwzględnienie tych kosztów. dokumentacji rachunkowej prowadzonej za dany (zamykany) rok podatkowy. Na podstawie cytowanych regulacji przedsiębiorca może dokonać ewidencjonowania bez konieczności korygowania zapisów w księgach. Jeżeli natomiast, koszty bezpośrednio dotyczące przychodów danego roku podatkowego, zostaną poniesione w roku następnym (kolejnym) już po dacie złożenia zeznania rocznego, wówczas koszty te ujmuje się już w następnym (nowym) roku podatkowym.
Z kolei, koszty uzyskania przychodów, inne niż koszty bezpośrednio związane z przychodami, są potrącalne w dacie ich poniesienia.
Wskazana zasada ewidencjonowania dotyczy tych wydatków, które dotyczą nie więcej niż jednego roku podatkowego. Ustawodawca przewidział szczególne zasady ewidencjonowania dla wydatków, które dotyczą okresu przekraczającego rok podatkowy. Jeżeli wydatki dotyczą okresu przekraczającego rok podatkowy, a nie jest możliwe określenie, jaka ich część dotyczy danego roku podatkowego, w takim przypadku stanowią koszty uzyskania przychodów proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczą.
Ustawodawca formułując powyższe zasady odnosi się do kosztów, które dotyczą okresu trwającego w co najmniej dwóch różnych latach podatkowych. Przy tym niekoniecznie musi być to okres dłuższy niż rok. Proporcjonalnie będą, np. rozliczone koszty półrocznej prenumeraty czasopisma za okres, od września jednego roku do marca następnego roku. Jest to okres 6-miesięczny, ale przypadający w dwóch kolejnych następujących po sobie latach podatkowych. Dla przykładu koszt dostępu do internetowego portalu za okres od stycznia do grudnia danego roku podatkowego nie będzie rozliczany proporcjonalnie, ponieważ stanowi wydatek nieprzekraczający roku podatkowego.