Zaliczki oblicza podatnik
Do opłacania zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych są zobowiązani podatnicy bezpośrednio albo też za pośrednictwem płatnika.
 
Podatnikiem jest osoba fizyczna, osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej, podlegająca na mocy ustaw podatkowych obowiązkowi podatkowemu –zob. art. 7 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa – dalej o.p.
Płatnikiem jest natomiast osoba fizyczna, osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej, obowiązana na podstawie przepisów prawa podatkowego do obliczenia i pobrania od podatnika podatku i wpłacenia go we właściwym terminie organowi podatkowemu (art. 8 o.p.).
Zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych opłacane są za pośrednictwem płatników w sytuacji uzyskiwania dochodów wypłacanych:
 
1) przez zakład pracy w związku z wypłatą wynagrodzenia ze stosunku pracy
2) przez rolnicze spółdzielnie produkcyjne oraz inne spółdzielnie zajmujące się produkcją rolną w związku z dokonywaniem wypłat członkom spółdzielni i ich domownikom
3) przez organy rentowe w związku z wypłacanymi świadczeniami
4) przez komorników od wypłacanych za zakład pracy wynagrodzeń dla pracowników
5) przez innych płatników, tj. m.in:
 a) osoby prawne i ich jednostki organizacyjne, które dokonują wypłaty emerytur i rent z zagranicy
 b) jednostki organizacyjne uczelni, placówki naukowe, zakłady pracy oraz inne jednostki organizacyjne - od wypłacanych przez nie stypendiów
 c) organy zatrudnienia od świadczeń wypłacanych z Funduszu Pracy
 d) wojewódzkie urzędy pracy - od świadczeń wypłacanych z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych
 
Płatnikom pobierającym i odprowadzającym zaliczki przysługuje zryczałtowane wynagrodzenie z tytułu terminowego wpłacania podatków na rzecz budżetu państwa. Wysokość wynagrodzenia wynosi 0,3% kwoty podatków pobranych przez płatników na rzecz budżetu państwa – potrącane z kwoty podatków pobranych przez płatnika.
Ponadto obowiązek opłacania zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych powstaje w związku z wypłacaniem przez osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą, osoby prawne i ich jednostki organizacyjne oraz jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, które dokonują wypłat świadczeń z tytułu działalności, o której mowa w art. 13 pkt 2 i 4–9 i art. 18 u.p.d.o.f., osobom posiadającym nieograniczony obowiązek podatkowy. Osoby te są obowiązane jako płatnicy pobierać zaliczki na podatek dochodowy.
 
Zasady ustalania wysokości zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych przez płatników
Zaliczki za miesiące od stycznia do grudnia wynoszą, co do zasady:
 
za miesiące od początku roku do miesiąca włącznie, w którym dochód podatnika uzyskany od początku roku w tym zakładzie pracy przekroczył kwotę stanowiącą górną granicę pierwszego przedziału skali – 18% dochodu uzyskanego w danym miesiącu;
za miesiące następujące po miesiącu, w którym dochód uzyskany od początku roku przekroczył kwotę stanowiącą górną granicę pierwszego przedziału skali – 32% dochodu uzyskanego w danym miesiącu.
 
Zakład pracy jako płatnik zaliczek na podatek
Dochodem pracownika będącego podstawą do obliczenia zaliczki są uzyskane w ciągu miesiąca przychody w rozumieniu art. 12 u.p.d.o.f. oraz zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez płatnika, po odliczeniu kosztów uzyskania w wysokości określonej w art. 22 ust. 2 pkt 1 lub 3 u.p.d.o.f. (pracownik musi jednak złożyć oświadczenie o spełnieniu określonych warunków) oraz po odliczeniu potrąconych przez płatnika w danym miesiącu składek na ubezpieczenie społeczne, o których mowa w art. 26 ust. 1 pkt 2 lit. b lub pkt 2a u.p.d.o.f.
Zaliczki obliczone w sposób określony w art. 32 ust. 1–1c u.p.d.o.f. podlegają również pomniejszeniu o:
 
1) kwotę stanowiącą 1/12 kwoty zmniejszającej podatek o której mowa w art. 27 ust. 1b pkt 1  jeżeli pracownik przed pierwszą wypłatą wynagrodzenia w roku podatkowym złoży zakładowi pracy oświadczenie według ustalonego wzoru, w którym stwierdzi, że:
 a) nie otrzymuje emerytury lub renty za pośrednictwem płatnika,
 b) nie osiąga dochodów z tytułu członkostwa w rolniczej spółdzielni produkcyjnej lub innej spółdzielni zajmującej się produkcją rolną,
 c) nie osiąga dochodów, od których jest obowiązany opłacać zaliczki na podstawie art. 44 ust. 3 u.p.d.o.f.,
 d) nie otrzymuje świadczeń pieniężnych wypłacanych z Funduszu Pracy lub z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych
 e) ten zakład pracy jest właściwy do stosowania tego zmniejszenia.
 
Jeżeli stan faktyczny wynikający z oświadczenia złożonego w latach poprzednich nie uległ zmianie, oświadczenia w danym roku podatkowym nie składa się. W przypadku, gdy podatnik powiadomił zakład pracy o zmianach stanu faktycznego wynikającego z oświadczenia, zaliczki nie pomniejsza o kwotę ulgi.
 
2) kwotę składki na ubezpieczenie zdrowotne, o której mowa w art. 27b, pobranej w tym miesiącu przez zakład pracy ze środków podatnika.
Zakład pracy nie pobiera zaliczek na podatek dochodowy od dochodów uzyskanych przez pracownika z pracy wykonywanej poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, pod warunkiem, że dochody te podlegają lub będą podlegać opodatkowaniu poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Na wniosek podatnika zakład pracy pobiera jednak zaliczki na podatek dochodowy według powyższych zasad z uwzględnieniem art. 27 ust. 9 i 9a u.p.d.o.f.
 
Zasady ustalania wysokości zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych bezpośrednio przez podatników
Podatnicy są zobowiązani do samodzielnego odprowadzania zaliczek w sytuacji uzyskiwania dochodów z:
1) działów specjalnych produkcji rolnej,
2) z działalności gospodarczej,
3) z najmu i dzierżawy,
4) bez pośrednictwa płatników ze stosunku pracy z zagranicy, z emerytury i renty zagranicznej,
5) od świadczeń z tytułu działalności, o której mowa w art. 13 pkt 2 i 4–9 oraz art. 18 u.p.d.o.f., otrzymywanych bez pośrednictwa płatników
 
Zaliczki na podatek dochodowy osób prowadzących pozarolniczą działalność gospodarczą
Wysokość zaliczek (z zastrzeżeniem art. 44 ust. 3f u.p.d.o.f.) ustala się w następujący sposób:
1) obowiązek wpłacania zaliczki powstaje, poczynając od miesiąca, w którym dochody te przekroczyły kwotę powodującą obowiązek zapłacenia podatku,
2) zaliczkę za ten miesiąc stanowi podatek obliczony od tego dochodu według zasad określonych w art. 2627 i 27b,
3) zaliczkę za dalsze miesiące ustala się w wysokości różnicy pomiędzy podatkiem należnym od dochodu osiągniętego od początku roku a sumą zaliczek za miesiące poprzedzające.
Dochodem z działalności gospodarczej stanowiącym podstawę obliczenia zaliczki u podatników prowadzących podatkowe księgi przychodów i rozchodów jest różnica pomiędzy wynikającym z tych ksiąg przychodem i kosztami jego uzyskania.
Jeżeli jednak podatnik na koniec miesiąca sporządza remanent towarów, surowców i materiałów pomocniczych lub naczelnik urzędu skarbowego zarządzi sporządzenie takiego remanentu, dochód ustala się według zasad określonych w art. 24 ust. 2 u.p.d.o.f., tj. ustala się różnicę pomiędzy przychodem w rozumieniu art. 14 u.p.d.o.f. a kosztami uzyskania, powiększoną o różnicę pomiędzy wartością remanentu końcowego i początkowego towarów handlowych, materiałów (surowców) podstawowych i pomocniczych, półwyrobów, wyrobów gotowych, braków i odpadków, jeżeli wartość remanentu końcowego jest wyższa niż wartość remanentu początkowego, lub pomniejszona o różnicę pomiędzy wartością remanentu początkowego i końcowego, jeżeli wartość remanentu początkowego jest wyższa.
Ustawodawca umożliwił osobom fizycznym uzyskującym dochody z działalności gospodarczej rozliczanie zaliczek także wg nieco odmiennych zasad. Dotyczy to sytuacji opodatkowania podatkiem liniowym, opodatkowania firm spełniających kryteria małego podatnika i rozpoczynających działalność gospodarczą. Istnieje również możliwość rozliczania zaliczek na podatek od dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej w sposób uproszczony.
 
Terminy uiszczenia zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych i właściwość organów podatkowych
Zwrócić należy uwagę, iż z dniem 1 stycznia 2012 r. weszły regulacje prawne nowelizujące zasady odprowadzania zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych przez przedsiębiorców.
Tym samym od 2012 r. zaliczki miesięczne od dochodów wymienionych w art. 44 ust. 1, wpłaca się w terminie do 20 dnia każdego miesiąca za miesiąc poprzedni. Zaliczki kwartalne podatnicy wpłacają w terminie do 20 dnia każdego miesiąca następującego po kwartale, za który wpłacana jest zaliczka. Zaliczkę za ostatni miesiąc lub ostatni kwartał roku podatkowego podatnik wpłaca w terminie do 20 stycznia następnego roku podatkowego. Podatnik nie wpłaca zaliczki za ostatni miesiąc lub odpowiednio kwartał, jeżeli przed upływem terminu do jej wpłaty złoży zeznanie i dokona zapłaty podatku na zasadach określonych w art. 45.
 
Zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych, z wyjątkiem zaliczek odprowadzanych przez zakłady pracy chronionej i zakłady aktywności zawodowej z tytułu określonych w art. 12 u.p.d.o.f. oraz zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego, odprowadza się w całości do właściwego organu podatkowego.