W lutym 2011 r. Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Krakowie wydał decyzję, w której nakazał usunięcie drzew i krzewów znajdujących się na terenie bezpośredniego zagrożenia powodzią. Wycinka miała być prowadzona poza okresem lęgowym ptaków.
Ekolodzy z Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków nie zgodzili się z tą decyzją. Argumentowali, że drzewa i krzewy rosną na terenie rezerwatu przyrody i ich wycinka spowoduje zniszczenie gniazd chronionych ptaków. Twierdzili, że drzewa i krzewy mogłyby być wycięte tylko, gdyby przeprowadzano równocześnie akcję ratowniczą ludzi i działania związane z bezpieczeństwem powszechnym. Oba warunki musza być spełnione jednocześnie - podkreślali ekolodzy.
W czerwcu 2011 r. Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej podtrzymał jednak decyzję krakowskiego zarządu regionalnego. Uznał, że drzewa i krzewy przeszkadzają w rozbudowie i modernizacji wału, co utrudnia ochronę przeciwpowodziową.
Towarzystwo zaskarżyło tę decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, ale sąd oddalił skargę, bo uznał, że drzewa i krzewy na terenie rezerwatu przyrody można wyciąć nie tylko wtedy, gdy jest prowadzona akcja ratownicza, ale i w celu zapewnienia bezpieczeństwa na przyszłość. Po to buduje się i utrzymuje wały przeciwpowodziowe - uznał sąd.
Towarzystwo zaskarżyło ten wyrok do Naczelnego Sądu Administracyjnego, ale w piątek NSA oddalił jego skargę (sygn. II OSK 656/12). W uzasadnieniu wyroku sędzia Andrzej Gliniecki wyjaśnił, że pomimo wielkiej wagi, jaką należy przywiązywać do kwestii ochrony przyrody, w pewnych sytuacjach górę bierze ochrona ludzi i ich mienia. Dotyczy to zarówno akcji ratowniczych, jak i zapewnienia bezpieczeństwa powszechnego na przyszłość.
Rezerwat przyrody "Wisła pod Zawichostem" został utworzony w 2008 r. Znajduje się na terenie województw: podkarpackiego, świętokrzyskiego i lubelskiego. Celem jego utworzenia było zachowanie stanowisk lęgowych, miejsc żerowania oraz odpoczynku podczas wędrówek rzadkich gatunków ptaków, jak np. sieweczki obrożnej i słowika szarego, objętych ścisłą ochroną.