Rozporządzenie wydane zostało na podstawie art. 6a ustawy z dnia 22 czerwca 2001 r. o mikroorganizmach i organizmach genetycznie zmodyfikowanych (Dz. U. z 2015 r. poz. 806) w miejsce rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 29 listopada 2002 r. w sprawie listy organizmów patogennych oraz ich klasyfikacji, a także środków niezbędnych dla poszczególnych stopni hermetyczności (Dz. U. poz. 1798), które utraciło moc z dniem 30 marca 2015 r. w związku z wejściem w życie ustawy z dnia 15 stycznia 2015 r. o zmianie ustawy o organizmach genetycznie zmodyfikowanych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 277).
Klasyfikację mikroorganizmów wykorzystywanych podczas zamkniętego użycia GMM określa załącznik nr 1 do rozporządzenia. Klasyfikację organizmów wykorzystywanych podczas zamkniętego użycia GMO określa załącznik nr 2 do rozporządzenia.