Masterplany zbiorą w jednym miejscu projekty inwestycyjne ingerujące w wody, a do tej pory rozproszone po wielu programach sektorowych, takie jak np. programy ochrony przeciw powodziowej Górnej Wisły, czy Wisły Środkowej, także projekty transportowe oddziałujące na stan wód, inwestycje realizowane w ramach RPO przez wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych.

Projekty te poddane zostaną usystematyzowanej analizie pod kątem ich wpływu na stan wód i środowiska, w tym także ocenione zostanie czy i jak te projekty realizują cele wynikające z Ramowej Dyrektywy Wodnej. Jednym z efektów przygotowania Masterplanów będzie wykaz inwestycji ingerujących znacząco w środowiska ale koniecznych do realizacji ze względu na „nadrzędny interes społeczny”. Takie inwestycje to inwestycje mające np. zabezpieczyć mieszkańców przed powodzią a nie mające realnej do zrealizowania alternatywy. Masterplany nie będą jednak zawierały wszystkich zadań związanych z gospodarowaniem wodami. Dlatego nie można ich uznać za dokumenty zastępujące PGW. Ograniczenie takie jest konieczne, aby dokumenty te mogły powstać szybko i spełnić swoje zadanie.
Dokumenty mają być gotowe i zatwierdzone przez Radę Ministrów do końca sierpnia 2014 roku.