Choć program będzie miał wpływ na stan wielu zbiorników i obszarów objętych programem „Natura 2000”, nie przeprowadzono w związku z nim odpowiedniej oceny skutków z uwzględnieniem celów w dziedzinie ochrony środowiska przewidzianych w przepisach UE zgodnie z wymogami dyrektywy w sprawie strategicznej oceny oddziaływania na środowisko. Przewiduje się, że spośród 410 projektów realizowanych w ramach programu około 120 może mieć znaczny wpływ na 50 różnych obszarów „Natura 2000”.

W informacji opublikowanej na stronie internetowej Komisji Europejskiej czytamy: „Zgodnie z dyrektywą siedliskową uzasadnieniem dla tego rodzaju projektów może być nadrzędny interes publiczny, pod warunkiem że zaproponowane zostaną działania wyrównawcze, a alternatywne rozwiązania starannie przeanalizowane. Nie wydaje się jednak, by w tym przypadku warunki te zostały spełnione. Istnieją też wątpliwości co do zgodności z ramową dyrektywą wodną.



Program naraża bowiem na niebezpieczeństwo zdolność niektórych zbiorników wodnych do osiągnięcia do 2015 r. stanu zadowalającego z punktu widzenia ochrony środowiska. Choć Komisja w pełni popiera dążenia Polski do stworzenia infrastruktury przeciwpowodziowej, która pomoże chronić ludzi i dziedzictwo kulturowe, zgodnie z jej stanowiskiem wysiłki te muszą być zgodne z unijnymi przepisami w dziedzinie ochrony środowiska.”

W listopadzie 2012 r. Komisja przesłała Polsce oficjalne wezwanie do usunięcia uchybienia, ale ponieważ Polska wciąż nie podjęła niezbędnych działań, aby naprawić tę sytuację, Komisja przesyła uzasadnioną opinię, na którą Polska musi udzielić odpowiedzi w terminie dwóch miesięcy. W przeciwnym wypadku Komisja może skierować sprawę do Trybunału Sprawiedliwości UE.

Źródło: www.europa.eu