Wraz z wypowiedzeniem organ ma obowiązek przesłać ofertę przyjęcia nowej wysokości opłaty oraz wskazać sposób jej wyliczenia, a także poinformować o miejscu, w którym można zapoznać się z operatem szacunkowym dotyczącym nieruchomości. Organ powinien również pouczyć użytkownika wieczystego o sposobie kwestionowania podwyżki opłaty.

- Odwołanie, zgodnie z art. 79 ust. 1 ww. ustawy, powinno mieć formę wniosku o ustalenie, że aktualizacja opłaty jest nieuzasadniona lub uzasadniona w innej wysokości. Pisemny wniosek w dwóch egzemplarzach wraz z dowodem uiszczenia opłaty skarbowej należy złożyć bezpośrednio do SKO przeciwko organowi reprezentującemu właściciela, to znaczy przeciwko wójtowi, burmistrzowi, prezydentowi miasta– w wypadku nieruchomości należących do gminy albo przeciwko staroście – w przypadku nieruchomości Skarbu Państwa - mówi Marta Stanisławska, aplikant radcowski w kancelarii LEXdirekt Widziewicz, Szepietowski Kancelaria Radców Prawnych sp.p.

Według Stanisławskiej SKO rozpoznaje odwołanie na rozprawie, zgodnie z przepisami Kodeksu postępowania administracyjnego. Stronami postępowania są użytkownik wieczysty i reprezentant właściciela. Ciężar udowodnienia, że aktualizacja opłaty jest uzasadniona spoczywa na właściwym organie.
Do czasu ostatecznego rozstrzygnięcia sprawy użytkownik wieczysty zobowiązany jest uiszczać opłatę w dotychczasowej wysokości. Należy wskazać, że w przypadku niekorzystnego rozstrzygnięcia dla użytkownika wieczystego, konieczna będzie dopłata różnicy w opłacie na rzecz właściciela, jednakże bez odsetek. Opłata w części przewyższającej opłatę dotychczasową staje się bowiem wymagalna po uprawomocnieniu się orzeczenia. Takie stanowisko zajął Sąd Najwyższy w uchwale z dnia 23 czerwca 2005 r., sygn. III CZP 37/05.

- Kolegium przyznaje na wniosek strony wygrywającej zwrot kosztów postępowania i opłat od strony przeciwnej. Jednakże nie można obciążyć „przegrywającego” użytkownika wieczystego kosztami oszacowania wartości gruntu, przeprowadzonego przez właściciela ani też kosztami opinii biegłego, powołanego dodatkowo przez Kolegium na żądanie użytkownika wieczystego. Jeżeli jednak użytkownik wieczysty sam zwróci się do rzeczoznawcy majątkowego o przeprowadzenie wyceny i przedstawi rezultat jego pracy jako tzw. opinię prywatną, wówczas nie może domagać się zwrotu poniesionych z tego tytułu kosztów - mówi Marta Stanisławska, aplikant radcowski w kancelarii LEXdirekt Widziewicz, Szepietowski Kancelaria Radców Prawnych sp.p.

Orzeczenie wydane przez SKO można zaskarżyć w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia, wnosząc za pośrednictwem Kolegium sprzeciw do sądu. Sprzeciw taki, który zastępuje pozew, jest równoznaczny z żądaniem przekazania sprawy do sądu powszechnego właściwego ze względu na miejsce położenia nieruchomości. Sprzeciw nie wymaga żadnego dodatkowego uzasadnienia. Powinien jedynie zawierać wskazanie SKO, za pośrednictwem którego jest wnoszony, jego adres, oznaczenie kwestionowanego orzeczenia Kolegium (data, sygnatura) oraz podpis użytkownika wieczystego. Kolegium obowiązane jest przekazać sprzeciw do sądu wraz z aktami sprawy.  - W przypadku wniesienia sprzeciwu orzeczenie SKO traci moc, nawet wówczas, gdy sprzeciw dotyczy tylko jego części. Od wyroku sądu I instancji przysługuje apelacja - mówi mówi Marta Stanisławska, aplikant radcowski w kancelarii LEXdirekt Widziewicz, Szepietowski Kancelaria Radców Prawnych sp.p.