Ustawa z dnia 11 września 2015 r. o zdrowiu publicznym (Dz.U. poz. 1916) wprowadziła możliwość uzyskania przez jednostki samorządu terytorialnego z Narodowego Funduszu Zdrowia środków na dofinansowanie programów polityki zdrowotnej. Pomoc może zostać przyznana na wniosek organu wykonawczego jednostki samorządu terytorialnego złożony do dyrektora oddziału wojewódzkiego NFZ. Tryb składania i rozpatrywania wniosków określa rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 28 grudnia 2016 r. w sprawie trybu składania i rozpatrywania wniosków o dofinansowanie programów polityki zdrowotnej realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego oraz trybu rozliczania przekazanych środków i zwrotu środków niewykorzystanych lub wykorzystanych niezgodnie z przeznaczeniem (Dz.U. z 2017 r. poz. 9).
Zgodnie z przepisami rozporządzenia Dyrektor oddziału NFZ obowiązany jest do ogłoszenia na stronie internetowej oddziału NFZ oraz w BIP-ie NFZ informacji o możliwości składania wniosków o dofinansowanie programów polityki zdrowotnej. Wnioski o dofinansowanie będą mogły być składane w terminie do dnia 1 września roku poprzedzającego rok rozpoczęcia realizacji programu, z wyjątkiem pierwszego roku obowiązywania regulacji, tj. roku 2017 r., w którym termin wyznaczono na 15 marca 2017 r. Dyrektor oddziału NFZ będzie mógł, przy uwzględnieniu wysokości środków przewidzianych na dofinansowanie programów w planie finansowym oddziału NFZ oraz terminów realizacji programów, ogłosić dodatkowe terminy składania wniosków. Wnioski powinny być składane w postaci papierowej do właściwego miejscowo oddziału NFZ oraz powinny zawierać elementy wskazane w § 3 rozporządzenia.
Wnioski o dofinansowanie programów polityki zdrowotnej rozpatrywane będą przez powołaną przez dyrektora oddziału NFZ komisję w terminie nie dłuższym niż 2 miesiące od dnia upływu terminu na złożenie wniosku. Komisja, w razie braków formalnych wniosku, wezwie wnioskodawcę do uzupełnienia tych braków w terminie 7 dni od dnia otrzymania wezwania, pod rygorem pozostawienia wniosku bez rozpatrzenia. Dofinansowanie nastąpi jedynie w przypadku pozytywnego rozpatrzenia wniosku przez komisję oraz podjęcia przez dyrektora decyzji o dofinansowaniu. Podjęta decyzja stanowić będzie podstawę do zawarcia z wnioskodawcą umowy o dofinansowanie programu. W terminie 14 dni od dnia upływu terminu rozpatrywania wniosków dyrektor oddziału NFZ ogłosi na stronie internetowej oddziału NFZ oraz w BIP-ie NFZ listę zaakceptowanych wniosków. Ponadto niezwłocznie po ogłoszeniu listy zawiadomi wnioskodawcę, w formie pisemnej, o braku akceptacji wniosku wraz z uzasadnieniem. Wnioskodawca taki będzie mógł złożyć do dyrektora oddziału NFZ wniosek o dokonanie ponownej oceny wniosku, w terminie 7 dni od dnia otrzymania informacji. Ponowna ocena powinna zostać dokonana w terminie 14 dni.
Zgodnie z rozwiązaniami przyjętymi w rozporządzeniu przekazywanie środków na dofinansowanie realizacji programu będzie się odbywać w terminach zapewniających finansowanie zobowiązań wynikających z realizacji umowy o dofinansowanie realizacji programu polityki zdrowotnej lub jako refundacja poniesionych wydatków. Środki przekazywane będą na wydzielony, wskazany w umowie, rachunek bankowy jednostki samorządu terytorialnego, której przyznano dofinansowanie. W przypadku wykorzystania części środków niezgodnie z przeznaczeniem jednostka samorządu terytorialnego obowiązana będzie do zwrotu równowartości tych środków wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, w terminie 15 dni od dnia stwierdzenia takiego wykorzystania. Z kolei zwrot niewykorzystanych środków powinien nastąpić w terminie 15 dni od dnia zakończenia realizacji programu profilaktyki zdrowotnej, nie później niż do dnia 15 stycznia roku kalendarzowego, następującego po roku, w którym przekazano środki, albo w przypadku umowy wieloletniej po roku, w którym zakończono realizację umowy. W tym też terminie powinno zostać przekazane dyrektorowi oddziału NFZ sprawozdanie z realizacji projektu określające działania podjęte w ramach programu i koszty ich realizacji.
Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 28 grudnia 2016 r. w sprawie trybu składania i rozpatrywania wniosków o dofinansowanie programów polityki zdrowotnej realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego oraz trybu rozliczania przekazanych środków i zwrotu środków niewykorzystanych lub wykorzystanych niezgodnie z przeznaczeniem weszło w życie z dniem 4 stycznia 2017 r.