Rzecznik Praw Obywatelskich zaskarżył do Trybunału Konstytucyjnego art. 10 ust. 3 oraz art. 74 ust. 2 i 3 ustawy z 21 lipca 2006 r. o nadzorze nad rynkiem finansowym. Przepisy te spowodowały pozostawienie pracowników Urzędu KNF poza korpusem służby cywilnej. Dlatego, że połączono trzy urzędy. Z dniem wejścia w życie ustawy o KNF zlikwidowano urzędy obsługujące Komisję Papierów Wartościowych i Giełd oraz Komisję Nadzoru Ubezpieczeń i Funduszy Emerytalnych. Ponadto 31 grudnia 2007 r.: zlikwidowano Komisję Nadzoru Bankowego i Generalny Inspektorat Nadzoru Bankowego. Pracownicy tych urzędów przeszli do KNF. W większości należeli oni do korpusu służby cywilnej i w ten sposób utracili swój uprzywilejowany status.
Trybunał rozważał, więc kwestię, czy KNF jest organem administracji rządowej czy jedynie organem administracji publicznej. Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich, KNF ma cechy centralnego organu administracji rządowej. Oznacza to, że kwestionowane przepisy pozostają w sprzeczności z konstytucyjną zasadą działania służby cywilnej w urzędach administracji rządowej.
W opinii Prokuratora Generalnego, którego reprezentował prok. Andrzej Niewielski do pracowników KNF stosuje się kodeks pracy. – Ustawodawca nie uznał KNF za urząd administracji rządowej.
Podobnego zdania był przedstawiciel Marszałka Sejmu, poseł Jerzy Kozdroń:
- Premier nie ma uprawnień do wydawania wytycznych i poleceń Komisji – wyjaśniał poseł Kozdroń. – Wprawdzie premier powołuje przewodniczącego KNF, ale po powołaniu Komisja staje się w pełni autonomicznym organem. Świadczy o tym choćby skład siedmioosobowej –Komisji, w której zasiadają przedstawiciel Prezydenta RP, prezes NBP i czterech urzędników mianowanych przez premiera.
Przewodniczący KNF Stanisław Kluza twierdził, że zaskarżony artykuł jest niejasny, ale można go czytać w kontekście całej ustawy.
- Nie mówi się w nim wprost o nadzorze Prezesa RM –wyjaśniał prezes Kluza. – W praktyce premier nie ma wpływu na treść sprawozdania Komisji, nie może go odrzucić. KNF nie należy do sfery administracji rządowej.
Sygnatura akt K 2/09