W efekcie nowelizacj ustawy o żegludze śródlądowej zamiast ośmiu  urzędów będa trzy: w Bydgoszczy, Wrocławiu i Szczecinie. Obecna struktura nie zapewnia bowiem prowadzenia aktywnej polityki w dziedzinie śródlądowego transportu wodnego i jego aktywnego promowania. Zastąpienie pięciu istniejących urzędów delegaturami ma też ograniczyć koszty funkcjonowania całej terenowej administracji żeglugi śródlądowej.

Rząd zapewnia, że takie przeorganizowanie administracji terenowej,  przystosuje ją do wykonywania nowych zadań, przewidzianych w obowiązującym od 1 stycznia 2018 r. prawie wodnym. Ustawa ta nałożyła na dyrektorów urzędów żeglugi śródlądowej nowe zadania, m.in. dotyczące uzgadniania dokumentów planistycznych i inwestycyjnych, wydawania decyzji administracyjnych, pełnienia funkcji inwestora w działaniach związanych z budową, przebudową i modernizacją śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym. Zmiany te są również konieczne ze względu na planowany intensywny rozwój żeglugi śródlądowej w Polsce, zwłaszcza na Wiśle i Odrze.