Wprawdzie w przypadku jezior i zbiorników średnio zanieczyszczonych, w których w warstwach przydennych zachowany jest jeszcze tlen i nie rozpoczął się proces zanieczyszczenia wtórnego, zahamowanie dopływu ścieków może przynieść poprawę, jednak w przypadku zbiorników silnie zdegradowanych, z rozwiniętym procesem zanieczyszczenia wtórnego, dla uzyskania istotnej poprawy jakości wód i osadów dennych nieodzowna jest rekultywacja tak misy jak i wód zbiornika.
 
W Polsce znajduje się ok. 9000 jezior (akwenów ukształtowanych naturalnie) o powierzchni powyżej 1 ha oraz ponad 100 zbiorników sztucznych, zwykle utworzonych w drodze przegrodzenia cieków.
Jakość ich jest zdecydowanie niewłaściwa z tytułu wieloletniego traktowania ich jako odbiorniki ścieków, przeważnie nieoczyszczonych. Spowodowało to wytworzenie sytuacji, w której ogromne depozyty zanieczyszczeń (przeważnie w postaci martwej materii organicznej) tkwią w sedymentach dennych większości zbiorników, powodując niekorzystne oddziaływanie środowiskowe wywołane tzw. zanieczyszczeniem wewnętrznym. Przy braku zjawiska mechanicznego mieszania ich wód, samoczynne oczyszczenie w zauważalnym przedziale czasowym jest niemożliwe.
 
Zarówno zbiorniki sztuczne, jak i jeziora stanowią akweny, gdzie dynamika ruchów wody jest w stosunku do cieków znacznie ograniczona. Bierze się stąd znaczne zróżnicowanie procesów przyrodniczych, przy czym różnice te dotyczą kinetyki procesów, czyli szybkości ich zachodzenia. I w wodach stojących, i w ciekach mamy do czynienia z procesami defosfatacji, denitryfikacji, nitryfikacji. Szybkość z jaką zachodzą te przemiany jest jednak inna dla jezior i zbiorników a inna – znacznie większa - dla cieków. Przeważnie, głównym składnikiem zanieczyszczenia jest martwa materia organiczna. Zawiesina, organiczna i nieorganiczna, sedymentuje w dnie zbiornika tworząc osady denne. Osady ulegają mineralizacji, używając tlenu rozpuszczonego w przydennych partiach toni. Jednocześnie na mineralizację rozpuszczonej w toni materii organicznej zużywany jest tlen rozpuszczony w toni wodnej całego zbiornika. Jeśli do zbiornika dostają się duże ilości martwej materii organicznej, zaczyna on pełnić rolę ekstensywnej oczyszczalni ścieków (nie jest zasilana tlenem z powietrza na innej drodze niż dyfuzja i mieszanie toni przez wiatry /jeziora polimiktyczne – płytkie, niestratyfikowane/ lub /w przypadku jezior głębokich, stratyfikowanych/ na drodze dyfuzji i dwukrotnego w roku mieszania wód uwarunkowanego względami termicznymi). Zarówno w jednym, jak i drugim przypadku ilości tlenu doprowadzane do toni wodnej są zbyt małe, aby mineralizacja zanieczyszczeń odbywała się w obszarze tlenowym.
Jednocześnie należy zwrócić uwagę na paradoksalne zjawisko, kiedy procesy asymilacji w przypowierzchniowej warstwie zanieczyszczonej wody powodują, że stężenie tlenu rozpuszczonego osiąga 120 – 200% nasycenia i blokuje absorpcję tlenu atmosferycznego. Jezioro uwalnia tlen do atmosfery, będąc w rzeczywistości w stanie znacznego deficytu tlenowego. Jest to główny powód, dla którego w jeziorach polimiktycznych nie może dojść do samooczyszczenia.