Nowelizacja wprowadza m. in. zmianę w zasadach wskazywania przedstawicieli do rad nadzorczych spółek zarządzających strefami – w miejsce przedstawiciela wojewody członkiem rad nadzorczych tych spółek będzie przedstawiciel Ministra Finansów.
Zakres działania spółek zarządzających strefami zostanie rozszerzony o prowadzenie współpracy ze szkołami ponadgimnazjalnymi oraz szkołami wyższymi w celu dostosowania ich oferty edukacyjnej do potrzeb pracodawców oraz o podejmowanie działań zmierzających do powstania klastrów.
W ustawie doprecyzowano, iż zwolnienie z podatku dochodowego dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej w ramach zezwolenia na terenie strefy stanowi pomoc publiczną.
Roszczenia związane ze zwrotem pomocy publicznej udzielanej zgodnie z ustawą o SSE przedawniają się z upływem 10 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym przedsiębiorca skorzystał z tej pomocy. Analogiczny okres został określony dla przedsiębiorców na przechowywanie ksiąg podatkowych i dokumentów związanych z ich prowadzeniem.
Nowelizacja przewiduje możliwość cofnięcia zezwolenia na wniosek przedsiębiorcy, za zwrotem pomocy publicznej udzielonej zgodnie z ustawą. Ustawa wprowadza również regulacje dotyczące procedury zwrotu pomocy publicznej udzielanej w strefach wraz z odsetkami. Minister właściwy do spraw gospodarki będzie mógł stwierdzić wygaśnięcie zezwolenia na wniosek przedsiębiorcy, który nie skorzystał z pomocy publicznej lub przedsiębiorcy, który korzystał z pomocy publicznej i spełnił wszystkie warunki określone w zezwoleniu oraz warunki udzielania pomocy publicznej określone w przepisach wydanych na podstawie ustawy.
Ustawa wprowadza jednolite zasady zmian zezwolenia na prowadzenie działalności na terenie strefy bez względu na datę jego wydania.