Postępowanie wszczynane jest na wniosek podmiotu, który poniósł stratę. Ustawodawca wskazał dwa organy, do których można zgłosić swoje żądania. Nie pozostawił jednak poszkodowanemu dobrowolności w ich wyborze. O tym, do kogo należy się zgłosić decyduje fakt, czy zalanie nieruchomości nastąpiło, jako następstwo wydanego pozwolenia wodnoprawnego czy też nie. W pierwszym wypadku rozstrzygać będzie ten sam organ, który wydał takie pozwolenie, w drugim – marszałek województwa. Ważne jest także to czy szkoda powstała w wyniku realizowania uprawnień zgodnie z treścią pozwolenia wodnoprawnego. Jeśli straty powstały, jako skutek działaności prowadzonej bez pozwolenia wodnoprawnego lub w przypadku, gdy zostało uchylone to rekompensata zostanie ustalona już nie na postawie przepisów prawa wodnego, ale według zasad ogólnych zawartych w kodeksie cywilnym.
Głównym trybem, w którym można dochodzić odszkodowania w przypadku zalania gruntu jest tryb administracyjny. Do sądu powszechnego poszkodowany może zwrócić się dopiero po uzyskaniu ostatecznej decyzji administracyjnej bądź też w sytuacji, gdy organ nie wyda rozstrzygnięcia w terminie trzech miesięcy od daty zgłoszenia żądania. Ustawa przewiduje wyjątki od pozwyższej zasady.
Zgodnie z art. 186 ust. 1 Prawa wodnego (Dz.U. z 2012 r. nr 0 poz. 145 z późn. zm.,dalej: pr.wod.) w sytuacji, gdy grunty zostały zalane w wyniku nieprzestrzegania przepisów przez właściciela wody lub urządzenia wodnego oraz podczas powodzi, podmiot, który poniósł szkodę może dochodzić swoich praw na dordze postępowania cywilnego. Dla roszczeń z art. 16 ust. 3 i art. 17 ust. 1 pr. wod. ustalono krótki, dwuletni termin przedawnienia. Istotne, że jest on liczony od momentu, gdy poszkodowany dowiedział się o zalaniu gruntu podczas powodzi albo o trwałym, naturalnym zajęciu gruntu przez wodę.
Artykuł autorstwa Renaty Mosiołek pt. Kto rozstrzygnie o odszkodowaniu za zalany grunt? pochodzi z programu Prawo Ochrony Środowiska.