Do głównych założeń ustawy należy likwidacja niektórych barier w prowadzeniu działalności gospodarczej. Ma ona polegać na wprowadzeniu tzw. „jednego okienka rozliczeniowego” dla prowadzących działalność gospodarczą, a realizacja tego celu następuje w drodze centralizacji zadań związanych z poborem ceł i podatków, uprawnień dyrektorów izb celnych jako wierzyciela oraz centralizacji rozliczeń finansowo-księgowych.
W efekcie wprowadzanych zmian nastąpi skoncentrowanie i uproszczenie dokonywania kontroli granicznej niektórych towarów, do tej pory wykonywanej przez różne służby kontrolne w różnym zakresie (np. nastąpi przejęcie przez Służbę Celną niektórych zadań kontrolnych w obszarze rolnictwa). W ustawie znalazły się też rozwiązania, które mają pomóc zapobiegać nieprawidłowościom w Służbie Celnej. Funkcjonariusze pełniący służbę na przejściach granicznych będą podlegać takim samym badaniom psychofizjologicznym, jak ci w wydziałach zwalczania przestępczości.
Nowe przepisy przewidują też, że podobnie jak pozostałe służby mundurowe, funkcjonariusze celni przebywający na zwolnieniu lekarskim będą otrzymywać 80 proc. uposażenia, a jedynie w określonych przypadkach zachowają prawo do pełnego uposażenia chorobowego. Ustawa zakłada zwolnienie z odpowiedzialności karnej funkcjonariusza, który popełnił przestępstwo w wyniku wykonania polecenia służbowego.