Apteka ogólnodostępna może być prowadzona tylko na podstawie zezwolenia na prowadzenie apteki. Zmiana jednego z elementów składowych zezwolenia pociąga za sobą konieczność zmiany zezwolenia. Za udzielenie zezwolenia na prowadzenie apteki pobierana jest opłata w wysokości pięciokrotnego minimalnego wynagrodzenia za pracę. Za zmianę zezwolenia lub jego przedłużenie w przypadku wydania zezwolenia na czas ograniczony pobiera się opłatę w wysokości połowy tej kwoty. Obowiązek uiszczenia opłaty powstaje także wówczas, gdy zmiana zezwolenia nie wynika z działań podejmowanych przez podmiot prowadzący aptekę, lecz została wywołana działaniami organów władzy publicznej polegającymi np. na zmianie nazwy miejscowości, zmianie granic gminy czy też zmianie nazwy ulicy. Okoliczność ta nie została jednak uwzględniona w ustawie - Prawo farmaceutyczne.
Zdaniem Rzecznika ustawodawca powinien wyłączyć pobieranie opłaty za czynności administracyjne, które zostały wywołane przez władzę publiczną, zaś wszelkie koszty z tego wynikające powinny zostać pokryte ze środków budżetowych. Przyjęte obecnie rozwiązanie jest sprzeczne z konstytucyjną zasadą zaufania obywateli do państwa i prawa, która opiera się na pewności prawa, a więc na takim zespole cech przysługujących prawu, które zapewniają jednostce bezpieczeństwo prawne, umożliwiające przewidywalność działań organów państwa, a także prognozowanie własnych działań.