Autorzy dokumentu uzasadniają konieczność powołania innych agencji, które zajmą się ocenianiem szkół wyższych, wyliczając błędy działalności PKA. Jeden z zarzutów kierowanych wobec komisji akredytacyjnej wskazuje na to, że nie eliminuje ona skutecznie z rynku edukacyjnego uczelni niespełniających elementarnych kryteriów.
Autorzy dokumentu wskazują też, że zdarzały się przypadki, że uczelnie czekały kilka miesięcy na raport z wizytacji PKA.
Źle postrzegana hest także procedura odwoławcza od ocen komisji - nie ma bowiem odrębnej instancji, która rozpatrywałaby takie wnioski.