Trybunał orzekał o zgodności z konstytucją art. 52 ust. 3 ustawy z lipca 2005 roku - Prawo o szkolnictwie wyższym. Według przepisów, jeśli Polska Komisja Akredytacyjna (PKA) negatywnie oceni prowadzony przez daną uczelnię kierunek studiów, to szkoła może wystąpić do PKA z wnioskiem o ponowne rozpatrzenie sprawy. Ustęp 3 ocenianego przez TK artykułu ustawy mówi, że wniosek ten jest rozpatrywany na wspólnym posiedzeniu zespołu, który przygotował wcześniejszą opinię i prezydium Komisji.
Następstwem drugiej negatywnej uchwały PKA są sankcje nakładane na uczelnię przez ministra nauki i szkolnictwa wyższego, który może zawiesić lub zakazać prowadzenia danego kierunku studiów.
 
Zdaniem skarżącej zapisy ustawy Wyższej Szkoły Handlu i Finansów Międzynarodowych im. F. Skarbka w Warszawie, kwestionowany przepis ustawy o szkolnictwie wyższym narusza art. 78 konstytucji, mówiący, że każda ze stron ma prawo do zaskarżenia orzeczeń i decyzji wydanych w pierwszej instancji.
 
"Organy certyfikujące poziom edukacji na świecie spełniają kilka parametrów. Jednostka, która certyfikuje czy bada jakość edukacji musi być niezależna (...). Po drugie musi być przejrzysta, kontrolowalna. Wszędzie tam, gdzie jej decyzje dotykają wolności, swobody działania uczelni, wówczas są poddane weryfikacji sądów administracyjnych. W polskim systemie jest odmiennie" - mówił podczas posiedzenia TK radca prawny dr Jacek Wędrowski.
 
Przedstawiciele szkoły wyższej argumentowali, że ponownej oceny uczelnianego kierunku dokonuje niemal ten sam zespół, który wydawał pierwszą opinię. "W naszym przypadku w 80 proc. pierwszą decyzję PKA i drugą podejmował ten sam zespół" - argumentował kanclerz uczelni Piotr Kusznieruk.
 
Zdaniem skarżącej strony, brak uregulowań proceduralnych pozbawił szkołę możliwości zakwestionowania podejmowanych uchwał dotyczących jakości kształcenia. Wskutek decyzji ministra wydanej na podstawie uchwały PKA szkole zawieszono uprawnienia do kształcenia na kierunkach: ekonomia oraz zarządzanie. "W tym czasie uczelnia zaprzestała rekrutacji na dwa kierunki. Obecnie mamy już uprawnienia, ale sytuacja na tych kierunkach - kiedy brakuje dwóch roczników studentów - jest na tyle zła, że jesteśmy
na początku decyzji o ich likwidacji" - powiedział Piotr Kusznieruk.
 
"Istotą problemu konstytucyjnego jest następujące pytanie: czy zgodne ze standardem konstytucyjnym jest rozpoznawanie wniosków niedewolutywnie (bez przeniesienia postępowania do organu wyższej instancji - PAP), w części przez te same osoby, gdy status organu jest niejednoznaczny. W świetle orzeczeń sądów administracyjnych padają bowiem różne określenia czy PKA to organ władzy publicznej, czy nie. Niejednoznaczny jest też status prawny uchwały, jaką podejmuje PKA. Tym stanowiskiem jest jednak związany minister, który formalnie wydaje decyzję administracyjną. Wszystko to powoduje, że środek zaskarżenia wskazany w art. 52 ust. 3 nie spełnia standardu konstytucyjnego. Nie chroni w dostateczny sposób praw konstytucyjnych obywateli oraz szkół wyższych" - uzasadniał orzeczenie TK sędzia Piotr Tuleja.
 
Jakość kształcenia na dwóch kierunkach studiów w Wyższej Szkole Handlu i Finansów Międzynarodowych im. F. Skarbka PKA negatywnie oceniła w marcu 2010 roku. Skarżąca szkoła wyższa złożyła ponowny wniosek do PKA, ale w czerwcu 2010 roku prezydium Polskiej Komisji Akredytacyjnej podtrzymało swoje poprzednie uchwały.
 
Zgodnie z obowiązującymi przepisami negatywnie oceniona uczelnia decyzję o zawieszeniu uprawnień do prowadzenia danego kierunku może zaskarżyć w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym i Naczelnym Sądzie Administracyjnym, jednak zakwestionować może tylko uchybienia formalne. Nawet jeśli skarga uczelni zostanie uwzględniona, to nie wstrzymuje decyzji podjętej przez ministra. W dodatku na wydanie decyzji przez WSA uczelnia może czekać ok. trzech kwartałów, a w tym czasie kierunek może już przestać
działać.
 
Przepis traci moc obowiązującą z upływem 18 miesięcy od ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw. "Termin odroczenia jest maksymalnie długi, gdyż zdaniem TK przywrócenie standardu zgodnego z konstytucją będzie wymagało dalej idących działań legislacyjnych niż tylko zmiana art. 52 ust. 3 ustawy" - powiedział sędzia Tuleja.