Zdaniem Dyrektora Departamentu żadne uregulowania prawne nie stoją na przeszkodzie temu aby jednostka samorządu terytorialnego w sytuacji, gdy decyzja wydana przez SKO narusza prawo, mogła powiadomić o tym fakcie prokuratora. Prokurator na mocy przysługującego mu w art. 8 p.p.s.a. uprawnienia, może wnieść do sądu administracyjnego skargę na decyzję wydaną przez SKO. Jednak w ocenie prokuratora wymagać tego musi ochrona praworządności lub praw człowieka i obywatela.
Dyrektora Departamentu zwrócił uwagę, że także Minister Finansów nie może ingerować w tok postępowania podatkowego w indywidualnej sprawie, nie może też wpływać na decyzje podjęte w postępowaniu przez SKO.