Odpowiedź: nie, nieodliczony VAT nie stanowi dla Pana przychodu podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym.
 
Uzasadnienie: prawo do odliczenia przysługuje w zakresie, w jakim nabywane przez podatników towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych (zob. art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.). Prawo do odliczenia przysługuje również wówczas, gdy zakupy towarów i usług (w tym środków trwałych) służących wykonywaniu czynności opodatkowanych sfinansowane zostały otrzymanymi przez podatnika dotacjami (subwencjami, etc.) czy też zostały podatnikom zrefundowane. Prawo do odliczenia podatku naliczonego w przypadkach takich przysługuje na zasadach ogólnych, co potwierdzają organy podatkowe w udzielanych wyjaśnieniach (zob. przykładowo interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 1 grudnia 2011 r., IPPP3/443-1173/11-2/JF czy interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 24 września 2013 r., ITPP2/443-602/13/AD).
Należy jednak zauważyć, że dość często przepisy umów o dotacje przewidują, iż w razie odliczenia lub zwrotu VAT od wydatków sfinansowanych dotacją konieczny jest zwrot przypadającej na odliczony lub zwrócony VAT (jest to często obligatoryjny zapis w tego typu umowach – zob. § 8 ust. 2 pkt 5 rozporządzenia Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 23 kwietnia 2012 r. w sprawie dokonywania z Funduszu Pracy refundacji kosztów wyposażenia lub doposażenia stanowiska pracy dla skierowanego bezrobotnego oraz przyznawania środków na podjęcie działalności gospodarczej – tekst jedn.: Dz. U. z 2015 r., poz. 1041). W przypadkach takich wchodzi w grę dobrowolna rezygnacja z odliczenia lub zwrotu VAT, a w konsekwencji niewykazywanie zakupów w ewidencji VAT ani w deklaracji VAT.
Nie towarzyszy temu obowiązek wykazywania nieodliczonych kwot VAT jako przychodów podlegających opodatkowaniu podatkiem dochodowym. Jest tak, gdyż nieodliczone kwoty VAT nie stanowią przychodów w rozumieniu ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych - dalej u.p.d.o.f., jak również wśród przepisów u.p.d.o.f. nie ma przepisu nakazującego uznawanie takich kwot za przychody.
Na marginesie dodać należy, że VAT, z którego odliczenia podatnicy dobrowolnie zrezygnowali, nie może być zaliczany do kosztów uzyskania przychodów ani powiększać wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Kwoty VAT mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów lub powiększać wartość początkową środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych tylko w przypadkach, gdy nie mogą być odliczone (zob. art. 23 ust. 1 pkt 43 oraz art. 22g ust. 3 u.p.d.o.f.). Sytuacja, w której podatnicy dobrowolnie rezygnują z odliczenia VAT, do takich przypadków nie należy.