Rewolucyjna technologia usprawni mapowanie genów i profilowanie nowotworów

Swift Biosciences, dostawca rozwiązań w zakresie bibliotek DNA do sekwencjonowania genomu, ogłosił wprowadzenie na rynek indeksowanych adapterów Accel-NGS® 2S - nowej linii indeksów, która w znacznym stopniu poprawi proces multipleksowego sekwencjonowania nowej generacji na platformach Illumina®.

Ten zestaw stanowi największy na rynku zbiór pojedynczych indeksów do wysokowydajnego sekwencjonowania genomu, pozwalając użytkownikom prowadzić operacje multipleksowania do 96 pojedynczo indeksowanych próbek i 768 podwójnie indeksowanych próbek podczas jednego uruchomienia urządzenia. Technologia ta jest w stanie sprostać rosnącemu zapotrzebowaniu ze strony badaczy i najważniejszych laboratoriów, zapewniając większą ilość danych podczas jednego uruchomienia urządzenia, przekładającą się na bardziej ekonomiczne sekwencjonowanie zapewniające większą precyzję danych.

Sekwencjonowanie DNA metodą multipleks to standardowy proces, w którym oznacza się wiele próbek i analizuje w ramach jednego uruchomienia urządzenia w celu zwiększenia wydajności i zmniejszenia kosztów sekwencjonowania w przeliczeniu na jedną próbkę. Ostatnie recenzowane publikacje wykazały, że błędy multipleksowania tzw. „index hopping” wpływają na inne dostępne na rynku indeksy. W ramach tego błędu dane sekwencje są nieprawidłowo przypisywane do danych próbek. Ponadto starsze technologie sekwencjonowania DNA metodą multipleks są wrażliwe na inne błędy sekwencjonowania, pogłębiając wskaźniki błędów nieprawidłowego przypisania. Wraz ze wzrostem pojemności platform do sekwencjonowania, takich jak najnowsza platforma Illumina - NovaSeq™ - pojawił się znaczny popyt na opracowanie wysoce rygorystycznych indeksów umożliwiających multipleksowanie większych ilości próbek.

Według naukowców z Swift Biosciences adaptery indeksowane Accel-NGS 2S stanowią zestawy 96 pojedynczych indeksów zoptymalizowanych do pracy z adapterami Illumina TruSeq® P5, zapewniając 768 nie powtarzających się, podwójnie indeksowanych kombinacji. Nowe indeksy zostały zoptymalizowane pod kątem większej elastyczności, aby umożliwić przetwarzanie od 96 do 768 oznaczonych próbek podczas jednego uruchomienia urządzenia. Można je również wykorzystać w ramach większej liczby różnych projektów o różnej głębokości sekwencjonowania.

Ponadto unikalna konstrukcja eliminuje błędy nieprawidłowego przypisania i „index hopping” - problem charakterystyczny dla komór przepływowych Illumina. Wspomniane udoskonalenia zapewniają większą czułość w wykrywaniu wariantów o niskiej częstotliwości oraz większą wierność, zwiększając tym samym szybkość demultipleksowania podczas analizy danych.

- Naszym celem w Swift jest umożliwienie naukowcom generowania najwyższej jakości danych z próbek każdego rodzaju, co pozwoli im dalej przesuwać granice nauki - powiedział Timothy Harkins, prezes i dyrektor generalny Swift Biosciences. - Nasze nowe, indeksowane adaptery Accel-NGS 2S pozwalają zniwelować luki w zakresie wydajności i kosztów platform Illumina. W połączeniu z technologiami Accel-NGS 2S wszystkie typy laboratoriów zajmujących się sekwencjonowaniem będą mogły generować dane wyższej jakości w dużo bardziej oszczędny sposób.

Nowe, indeksowane adaptery Accel-NGS 2S są już dostępne w sprzedaży. Pierwsze zamówienie komercyjne wysłano do Shanghai Nanodigmbio Biotechnology Co. LTD, partnera dystrybucyjnego Swift na rynek chiński. Shanghai Nanodigmbio Biotechnology to jeden z najszybciej rosnących rynków sekwencjonowania i jeden z najważniejszych podmiotów w zakresie genomiki i badań nad chorobami. W 2016 roku Chiny zaprezentowały „Plan pięcioletni” skupiający się na medycynie precyzyjnej, prężnie rozwijającym się obszarze genomiki, który będzie kształtować przyszły rozwój w zakresie diagnostyki i leczenia chorób.

Źródło: Swift Biosciences