W nowej wersji rozporządzenia dodano nowy rozdział 3a zatytułowany "Szczepienia ochronne przeciwko COVID-19", który wskazuje kolejność szczepień w ramach pierwszego etapu. Podstawa prawna dla kolejności szczepień została zatem opublikowana dopiero po 30 dniach od przyjęciu Narodowego Programu Szczepień, a weszła w życie po 31 dniach. W efekcie szczepienia, który ruszyły  27 grudnia 2020 roku, były wykonywane bez podstawy prawnej – o czym pisaliśmy w Prawo.pl.

Dopiero od 15 stycznia 2021 roku podmioty przeprowadzające szczepienia ochronne przeciwko COVID-19 mają obowiązek stosowania tych szczepień w następującej kolejności: