Uczelnie będą rozliczać koszty według rodzajów działalności, wyodrębnione mają być środki pochodzące z budżetu państwa i przychodów własnych.
Ma to ukrócić proceder finansowania z pieniędzy budżetowych kierunków płatnych. Niektóre uczelnie w ten sposób obniżały koszty studiów niestacjonarnych – dotacja budżetowa sprawiała, że mogły one obniżać czesne dla studentów niestacjonarnych. Na ten problem już wcześniej zwróciła uwagę Najwyższa Izba Kontroli.