Organem właściwym w postępowaniu podatkowym w odniesieniu do wskazanych danin publicznych pozostaje naczelnik urzędu skarbowego. Oznacza to, że decyzje w sprawach dochodów samorządowych są podejmowane przez organy rządowe – administrację skarbową. Dlatego ustawodawca stara się umożliwić organom jednostek samorządu terytorialnego (dalej: j.s.t.) wpływ na podejmowane rozstrzygnięcia. Tak jest m.in. w sytuacji, gdy udzielane są podatnikom ulgi i zwolnienia. Z tego punktu widzenia warto zwrócić uwagę na uchwałę 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 1 marca 2010 r. (sygn. akt II FPS 9/09). Jest to uchwała o charakterze abstrakcyjnym, została podjęta na wniosek prezesa NSA ze względu na rozbieżności występujące w orzecznictwie sądów administracyjnych. Rozstrzyga ona zarówno kwestie związane ze współdziałaniem organów samorządowych z administracją skarbową, jak też wskazuje na zasady podejmowania decyzji w sprawach ulg i zwolnień.

Współdziałanie organów j.s.t. z administracją skarbową zostało unormowane w ustawie z dnia 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego (Dz. U. z 2010 r. Nr 80, poz. 526 ze zm.). Art.ykuł 18 tej ustawy stanowi:
1. Do udzielania ulg podatkowych, umarzania, rozkładania na raty i odraczania terminów płatności należności z tytułu podatków i opłat stanowiących dochody jednostek samorządu terytorialnego, a także zwalniania z obowiązku pobrania bądź ograniczenia poboru tych należności, mają zastosowanie przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.
2. W przypadku pobieranych przez urząd skarbowy podatków i opłat, stanowiących w całości dochody jednostek samorządu terytorialnego, naczelnik tego urzędu może umarzać, odraczać termin zapłaty lub rozkładać na raty należności oraz zwalniać płatnika z obowiązku pobrania, bądź ograniczać pobór należności wyłącznie za zgodą przewodniczącego zarządu jednostki samorządu terytorialnego.
3. Na postanowienie przewodniczącego zarządu jednostki samorządu terytorialnego w przedmiocie ulg, o których mowa w ust. 1, nie przysługuje zażalenie.

Oznacza to, że właściwym do wydania decyzji jest naczelnik urzędu skarbowego, natomiast organy j.s.t. mają jedynie funkcję opiniodawczą; jednakże w orzecznictwie pojawiły się różne zdania na temat możliwości zaskarżania do sądu administracyjnego takich postanowień, ponieważ brak zgody, o której mowa w art. 18 ustawy o dochodach, uniemożliwia udzielenie ulgi. Z przepisu tego wynika również, że postanowienie to jest ostateczne, ponieważ nie przysługuje od niego zażalenie w administracyjnym toku instancji. Pojawiły się jednak wątpliwości odnośnie możliwości zaskarżenia tego postanowienia do sądu administracyjnego.

Część sądów wskazała na możliwość zaskarżenia postanowienia po uprzednim wezwaniu organu, który je wydał, do usunięcia naruszenia prawa. W orzeczeniach tych podnosi się, iż wyłączenie zaskarżalności postanowienia przewodniczącego zarządu j.s.t. w przedmiocie ulg może nasuwać zastrzeżenia, skoro stanowi ono wiążący warunek decyzji organu podatkowego, a mimo to nie podlega - co do istoty rozstrzygnięcia - kontroli instancyjnej. Z tego względu istnieją podstawy do uznania orzeczenia przewodniczącego za postanowienie co do istoty sprawy, na które można wnieść skargę do sądu. Wprawdzie jest ono wydawane na potrzeby postępowania toczącego się przed naczelnikiem urzędu skarbowego w przedmiocie ulg podatkowych i stanowi niezbędny warunek do jego zakończenia , to jednak zapada w innym postępowaniu, które ma sobie właściwy przedmiot i organ o nim orzekający. Rozstrzygnięciem jest bowiem zgoda albo jej brak w kwestii wniosku odnośnie ulgi w zobowiązaniu podatkowym. Z tych względów winno być zaliczone do postanowień podlegających samoistnie kognicji sądu administracyjnego, a nie tylko jako postanowienie zaskarżalne jedynie w ramach postępowania głównego w odwołaniu od decyzji naczelnika urzędu skarbowego, a następnie w skardze na ostateczną decyzję II instancji.

W innych wyrokach sądy administracyjne odmawiały możliwości kontroli postanowień z art. 18 ustawy o dochodach j.s.t. Na postanowienie to nie przysługuje zażalenie, nie można też uznać, iż kończy ono sprawę albo rozstrzyga ją co do istoty. Rozstrzygnięciem sprawy podatkowej jest decyzja właściwego organu. Sprawa podatkowa w tym wypadku jest jedna, a jej przedmiotem jest uzyskanie ulgi. Decyzję wydaje naczelnik urzędu skarbowego, jedynie zasięgając zdania organów j.s.t.

NSA dokonał wykładni zarówno przepisów ustawy o dochodach j.s.t., jak i Ordynacji podatkowej i stwierdził w uchwale, że postanowienie przewodniczącego zarządu j.s.t. w przedmiocie ulgi podatkowej, o którym mowa w art. 18 ust. 3 ustawy z dnia 13 listopada 2003 r. o dochodach j.s.t., nie podlega zaskarżeniu do sądu administracyjnego. Postanowienie to jest wydawane w ramach współdziałania organów, o których mowa w art. 209 Ordynacji podatkowej. Współdziałanie to ma zapewnić j.s.t., jako beneficjentowi dochodów z tytułu określonych podatków, możliwości współdecydowania o ograniczeniu osiąganych przez nią dochodów z uwagi na przyznanie ulg czy zwolnień.

Sposobem ochrony strony niezadowolonej z postanowienia będzie jedynie możliwość skarżenia decyzji II instancji – a więc dyrektora izby skarbowej do WSA. Sąd administracyjny ma możliwość oceny tego postanowienia na podstawie art. 134 § 1 i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Jest ono bowiem wydane w ramach sprawy, której przedmiot stanowi udzielenie ulgi w zobowiązaniu podatkowym.

Ponadto, w przytoczonej uchwale NSA wyraził swój pogląd na temat mocy wiążącej postanowień z art. 18 ustawy o dochodach j.s.t. w stosunku do decyzji organu podatkowego.

Dlatego też zgoda organu samorządowego nie wiąże organu podatkowego do jednej z form preferencji, a jedynie stwarza możliwość podjęcia decyzji w tym zakresie, jest jedną z przesłanek do wydania rozstrzygnięcia w sprawie danej ulgi. Ostatecznie jednak to naczelnik urzędu skarbowego samodzielnie rozstrzyga o tym, czy w konkretnej sprawie zachodzą okoliczności przemawiające za udzieleniem ulgi. „Naczelny Sąd Administracyjny w składzie podejmującym uchwałę podziela wyrażany przez część judykatury i piśmiennictwa pogląd, że zgoda przewodniczącego (tak jak istnienie ważnego interesu podatnika czy interesu publicznego) nie obliguje jednak organu podatkowego do pozytywnego załatwienia wniosku.” Jest to istotny pogląd, który może ukształtować praktykę administracji skarbowej. Można jednak wyrazić wątpliwość, czy jeśli organ j.s.t. wyrazi zgodę na udzielnie ulgi, to odmowa organów podatkowych stanowi swoistą ingerencję w samodzielność takiej jednostki.