Zatem, jaki charakter prawny ma polecenie wojewody obowiązujące również organy samorządu terytorialnego, o którym mówi art. 25 ust. 1 u.w.a.r.w.? Polecenia wojewody kierowane do wszystkich organów administracji rządowej są jak najbardziej naturalnym procesem wykonywania zadań publicznych, realizowanym w układzie kierownictwa organizacyjnego, gdzie jeden organ administracji kieruje pracą innego organu . Potwierdza to Konstytucja czyniąca Radę Ministrów odpowiedzialną za kierowanie administracją rządową (art. 146 ust. 3) , a Prezesa Rady Ministrów stawiającego na samym szczycie służbowej machiny urzędniczej (art. 148 pkt 7 ). Inaczej będzie się kształtować sytuacja w stosunkach decentralizacji i nadzoru, z jakimi mamy do czynienia wówczas, gdy wojewoda będzie wydawał polecenia organom samorządu terytorialnego.
Organ samorządu terytorialnego, do którego skierowano polecenie, nie pozostaje w stosunku kierownictwa z organem administracji rządowej, jakim jest wojewoda. Zatem, czy treść takiego polecenia będzie równoznaczna z poleceniem wydanym w obrębie jednolitego, pod względem systemowym, kierownictwa organizacyjnego, czy też treściowo i przedmiotowo będzie odmienna?
Obrazując to przykładem, czy wojewoda w sytuacji zagrożenia życia z powodu powodzi lub pożaru będzie mógł wydać polecenie wójtowi o zamknięciu zapory wodnej lub skierowania dodatkowej drużyny Ochotniczej Straży Pożarnej do walki z pożarem? Sytuację komplikuje dodatkowo analiza słownikowa pojęcia wyrazu „polecenie”, która oznacza załatwianie czegoś zgodnie z poleceniem i traktowania go na równi z takimi pojęciami , jak „zlecenie”, „rozporządzenie” i „rozkaz”. Literalne brzmienie tego pojęcia odpowiada raczej układowi kierownictwa organizacyjnego charakterystycznego dla systemu zależności służbowej i osobowej. Tak więc zakres pojęciowy tego rozwiązania powinien uwzględniać odmienną sytuację prawną obu systemów organizacyjnych (scentralizowanego i zdecentralizowanego) i funkcjonujących w tym środowisku podmiotów (wojewody i samorządu terytorialnego), realizowanych przez nie zadań publicznych oraz szczególnych sytuacji, w których będzie możliwe wykorzystanie instytucji polecenia. J. Stelmasiak, analizując charakter prawny polecenia wojewody, jeszcze na gruncie ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o administracji rządowej w województwie (Dz. U. z 2001 r. Nr 80, poz. 872 ze zm.), w stosunku do organów samorządu terytorialnego, stwierdził, że nie należy mylić polecenia służbowego z poleceniem celu , ponieważ to ostatnie nie może mieć charakteru szczegółowej „dyspozycji wykonawczej”, a powinno jedynie wskazywać na stan niezgody z prawem, który wymaga usunięcia, lub ustalić przedmiot działania . Polecenia, o których mowa w art. 25 ust. 1 u.w.a.r.w. nie mogą dotyczyć rozstrzygnięć co do istoty sprawy załatwianej w drodze decyzji administracyjnej, a także nie mogą dotyczyć czynności operacyjno-rozpoznawczych, dochodzeniowo-śledczych z zakresu ścigania wykroczeń (art. 25 ust. 2 u.w.a.r.w.).
Czy wyłączenie tylko niektórej kategorii spraw przemawiałoby za bardzo szerokim potraktowaniem przedmiotu poleceń, czy też należałoby zawęzić ten zakres? Wydawanie takich poleceń powinno należeć do rzadkości i mieć miejsce tylko w sytuacjach wynikających ze szczegółowych rozwiązań prawnych. Zwraca na to uwagę art. 13 ustawy z dnia 18 kwietnia 2002 r. o stanie klęski żywiołowej (Dz. U. Nr 62, poz. 558 ze zm., dalej: u.s.k.ż.), gdzie w zakresie działań prowadzonych w celu zapobieżenia skutkom klęski żywiołowej lub ich usunięcia właściwy minister może wydawać polecenia wiążące organom samorządu terytorialnego. W razie odmowy wykonania polecenia lub niewłaściwego wykonania przez organy samorządu terytorialnego właściwy minister może zawiesić odpowiednie uprawnienia takiego organu oraz wyznaczyć pełnomocnika do wykonywania tych uprawnień, zawiadamiając o tym właściwego wojewodę i Prezesa Rady Ministrów (art. 13 ust. 2 pkt 2 u.s.k.ż.).
Z całą pewnością tego rodzaju polecenia nie powinny dotyczyć spraw jednostkowych, o charakterze szczegółowym, znanych organowi samorządu terytorialnego chociażby z racji procesu administrowania na danym terenie. O tym, czy zaporę na rzece podnieść wyżej, czy niżej, by zapobiec zalaniu czy podtopieniom, większą wiedzę zapewne będzie miał wójt (burmistrz, prezydent miasta) niż wojewoda. Brak reakcji i działania wójta w sytuacji zagrożenia powodziowego, pożarowego czy zagrożenia epidemią świńskiej grypy bądź ptasiej grypy jak najbardziej powinno zostać skorygowane działaniem wojewody poprzez wydanie stosownego polecenia. Każdorazowo jednak trzeba odwoływać się do obowiązującego ustawodawstwa, które ustala uprawnienia i obowiązki organów administracji publicznej oraz innych podmiotów administrujących. Ustawa z dnia 5 grudnia 2008 r. o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi (Dz. U. Nr 234, poz. 1570, dalej: u.z.ch.z.), określając działania administracji publicznej w zakresie zapobiegania i zwalczania zakażeń i chorób zakaźnych, wymienia podmioty administracji publicznej właściwe w zakresie realizacji zadań z zakresu ochrony zdrowia publicznego przed zakażeniami i chorobami zakaźnymi (szpitale, poradnie i punkty konsultacyjne) (art. 42 ust. 1 pkt 1 i 2 u.z.ch.z.). W myśl art. 43 cytowanej ustawy podmioty te, realizując zadania z zakresu ochrony zdrowia publicznego, powinny współpracować np. z Państwową Inspekcją Sanitarną, Wojskową Inspekcją Sanitarną, Państwową Inspekcją Sanitarną Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, jednostkami Systemu Państwowego Ratownictwa Medycznego, Narodowym Funduszem Zdrowia, a także organami samorządu terytorialnego.
Zatem, jeśli ustawodawca zaleca współpracę pomiędzy wskazanymi podmiotami, to naturalną konsekwencją będzie brak możliwości po stronie wojewody wydawania poleceń. Chyba że zobowiązany do współpracy podmiot lub podmioty nie realizują obowiązującego porządku prawnego albo nie są w stanie osiągnąć zamierzonych celów. Nieraz ustawodawca posługuje się terminem „żądanie”, co w brzmieniu słownikowym oznacza domaganie się czegoś kategorycznie. Na przykład w myśl art. 44 ust. 4 u.z.ch.z. na pisemne żądanie wojewody jednostki samorządu terytorialnego są zobowiązane do przekazania danych i informacji potrzebnych wojewodzie do sporządzenia wojewódzkiego planu działania na wypadek wystąpienia epidemii (art. 44 ust. 1 u.z.ch.z.). Wydawane przez wojewodę polecenia organom samorządu terytorialnego mogą nieraz wynikać z sytuacji nieznanych organom danej jednostki samorządu terytorialnego, ponieważ zagrożenie życia lub zdrowia może mieć swoje przyczyny poza obszarem gminy.
Na przykład nadciągająca chmura trujących gazów będąca tragicznym rezultatem wypadku cysterny samochodowej lub kolejowej z amoniakiem. Polecenie wojewody kierowane do organów samorządu terytorialnego jest instytucją prawną naruszającą zasadę względnej niezależności jednostek samorządu terytorialnego od organów administracji rządowej. Jej celem jest ochrona i realizacja w praktyce interesu publicznego przejawiająca się, między innymi, w zapobieganiu zagrożeniu życia, zdrowia lub mienia i innych wartości publicznych, określonych w prawie pozytywnym. Realizacja tej instytucji nie następuje w sytuacjach jednostkowych i możliwych do wykonania przez organy samorządu terytorialnego. Sytuacje mieszczące się w ramach polecenia powinny cechować się ogólnością, co do zasady, i w konsekwencji zmierzać bezwzględnie do osiągnięcia rezultatu.