Jak informuje Ministerstwo Finansów, system rejestracji podmiotów został stworzony, aby usprawnić typowanie podatników do kontroli. Dane w nim zawarte mają uzupełniać bazę Poltax, w której gromadzone są tylko informacje o rozliczeniach podatkowych. Nie wiadomo dokładnie ile podmiotów figuruje w Bazie Podmiotów Szczególnych. Nie wie tego nawet ministerstwo, bo – jak twierdzi – jedna firma może być do niej wpisana wielokrotnie.
Administratorem aplikacji jest dyrektor Izby Skarbowej w Łodzi. Od 2009 r. dostęp do bazy mają wszystkie urzędy i izby skarbowe, a od 2010 r. – także urzędy kontroli skarbowej. Jednak zainteresowani podatnicy nie mogą sprawdzić, czy figurują na tej liście. Według MF nie mogą oni ani zapytać, czy są w bazie, ani wystąpić o odpowiedź w trybie dostępu do informacji publicznej. Według MF jest to narzędzie o charakterze wewnętrznym, służącym tylko organom skarbowym do realizacji ustawowych zadań.
Według MF ewidencja jest legalna i została zgłoszona do rejestru GIODO.