Takie ukształtowanie kryteriów oceny ofert, przy dużej konkurencji na rynku, prowadziło niekiedy do składania ofert poniżej realnych kosztów budowy. Ponieważ urząd nie zawsze weryfikował kondycję finansową wykonawców, czas inwestycji realizowanych przez nierzetelne firmy wydłużał się lub nawet dochodziło do ich przerwania. Przykładowo, chińskie konsorcjum COVEC budowę dwóch odcinków autostrady A2 deklarowało wykonać za cenę o ponad połowę niższą od kosztorysu GDDKiA. Urząd odstąpił od umowy dopiero po 20 miesiącach, gdy chińskie firmy zalegały wobec podwykonawców z płatnościami sięgającymi już 117 mln zł.

Jak podaje NIK, w latach 2008-2011 GDDKiA wydała prawie 79 mld zł na budowę 1371 km nowych i modernizację starych dróg. Nakłady te zostały częściowo refundowane ze środków unijnych. Łącznie z I półroczem 2012 r. kwota refundacji wyniosła 19,3 mld zł. W wyniku różnych okoliczności środki unijne zostały zmniejszone o 464 mln zł. GDDKiA ma jednak szansę wykorzystać te pieniądze na budowę innych dróg, pod warunkiem, że rozpocznie inwestycje w 2013 r.

GDDKiA dość liberalnie podchodziła do posiadania środków własnych przez wykonawców ubiegających się o kontrakt - za takie uważała nawet oświadczenie banku o gotowości do kredytowania firmy. Zdaniem NIK nie pozwalało to na wyeliminowanie z postępowań firm znajdujących się w trudnej sytuacji finansowej. Tak było np. z konsorcjum, któremu przewodniczyły Dolnośląskie Surowce Skalne, ubiegające się o dokończenie po chińskim wykonawcy odcinków A2. Choć GDDKiA wiedziała o trudnej sytuacji finansowej przedsiębiorstwa, to zostało ono wpuszczone na plac budowy, co zakończyło się upadłością. W konsekwencji GDDKiA musiała spłacić podwykonawców.

NIK nie ma większych zastrzeżeń do procesu przygotowania inwestycji. Oddziały GDDKiA na ogół rzetelnie sporządzały wnioski o pozwolenie na budowę i wydawały zezwolenia na realizację inwestycji drogowej. Niechlubnym wyjątkiem jest oddział w Rzeszowie, gdzie wszystkie skontrolowane wnioski na realizację inwestycji drogowych były niekompletne. To z kolei powodowało opóźnienia w wydawaniu zezwoleń przez wojewodę.

W umowach z wykonawcami dobrze zabezpieczono interesy inwestora (precyzyjnie określono obowiązki i uprawnienia stron, terminy płatności, kary umowne, okresy gwarancji oraz zabezpieczenie należytego wykonania umowy). NIK ma jednak zastrzeżenia do wysokości zabezpieczenia należytego wykonania umowy, które ustalano na poziomie 5 proc. ceny całkowitej podanej w ofercie. Zdaniem Izby, należało w tej sytuacji zastosować stawkę 10 proc. W umowach zabrakło odpowiednich zabezpieczeń chroniących podwykonawców, zwłaszcza w wypadku niewywiązywania się przez wykonawców ze zobowiązań płatniczych.