1. Obowiązek wystawiania faktur zaliczkowych
Obowiązek wystawiania tzw. faktur zaliczkowych wynika z art. 106b ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług – dalej u.p.t.u. Przepis ten stanowi, że podatnik jest obowiązany wystawić fakturę zaliczkową dokumentującą otrzymanie przez niego całości lub części zapłaty przed dokonaniem czynności, o których mowa w art. 106b ust. 1 pkt 1 i 2 u.p.t.u., z wyjątkiem przypadku, gdy zapłata dotyczy wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów lub czynności, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 5 pkt 4 u.p.t.u. Przepis ten należy stosować z uwzględnieniem pozostałych przepisów art. 106b u.p.t.u., tj. przepisu wyłączającego obowiązek wystawiania faktur w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku (zob. art. 106b ust. 2 u.p.t.u.) oraz przepisów określających obowiązek wystawiania faktur na żądanie nabywcy (zob. art. 106b ust. 3 u.p.t.u.).
W świetle tych przepisów wyróżnić należy trzy grupy czynności. Do pierwszej z nich należą czynności, w których przypadku faktur zaliczkowych się nie wystawia. Dotyczy to wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów oraz czynności, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 5 pkt 4 u.p.t.u., czyli:
a) dostaw energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej oraz gazu przewodowego,
b) świadczenia usług telekomunikacyjnych,
c) świadczenia usług wymienionych w poz. 140-153, 174 i 175 załącznika nr 3 do u.p.t.u. (czyli usług związanych z uzdatnianiem i dostarczaniem wody, usług związanych z odprowadzaniem i oczyszczaniem ścieków, usług związanych z odpadami, usług zamiatania śmieci i usuwania śniegu oraz pozostałych usług sanitarnych),
d) świadczenia usług najmu, dzierżawy, leasingu lub usług o podobnym charakterze,
e) świadczenia usług ochrony osób oraz usług ochrony, dozoru i przechowywania mienia, oraz
f) świadczenia usług stałej obsługi prawnej i biurowej,
g) świadczenia usług dystrybucji energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej oraz gazu przewodowego.
Do drugiej grupy należą czynności, w których przypadku faktury zaliczkowe trzeba wystawiać tylko na żądanie nabywcy (o ile zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę bądź otrzymano całość lub część zapłaty – zob. art. 106b ust. 3 u.p.t.u.). Sytuacja taka ma miejsce w przypadku otrzymywania zaliczek dotyczących innych niż należących do pierwszej z wymienionych grup czynności:
1) niebędących podatnikami osób fizycznych (w szczególności osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej),
2) niebędących podatnikami jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej,
3) zwolnionych od podatku.
Do trzeciej grupy należą czynności, w których przypadku faktury zaliczkowe trzeba wystawiać – w razie otrzymania całości lub części zapłaty przed ich dokonaniem - zawsze (w szczególności bez żądania nabywcy). Do grupy tej należą czynności pozostałe, tj. czynności nienależące do jednej z dwóch pierwszych w wymienionych grup.
Obowiązek wystawiania faktur zaliczkowych powoduje, że jedna sprzedaż może być udokumentowana dwoma lub więcej fakturami. Zauważyć bowiem należy, że podatnicy mogą mieć obowiązek wystawić fakturę zaliczkową ilekroć przed dokonaniem dostawy towarów lub wykonaniem usługi otrzymają część lub całość zapłaty. W konsekwencji jeśli przed dokonaniem dostawy towarów podatnik dwukrotnie otrzyma część zapłaty, obowiązany może być wystawić dwie faktury zaliczkowe, jeśli trzykrotnie otrzyma część zapłaty - trzy faktury zaliczkowe, itd. Ponadto po dokonaniu dostawy towarów lub wykonaniu usługi może być konieczne wystawienie faktury ostatecznej (więcej na temat faktur ostatecznych wystawianych po dokonaniu dostawy towarów lub wykonaniu usługi – patrz punkt 6).
Podkreślić należy, że aby zaistnieć mógł obowiązek wystawienia faktury zaliczkowej (jak również aby powstał obowiązek podatkowy z tytułu otrzymania całości lub części zapłaty przed dokonaniem dostawy towarów lub wykonaniem usługi) otrzymana zapłata dotyczyć musi zakupu konkretnego towaru lub usługi. Nigdy nie ma obowiązku (ani możliwości) wystawiania faktury zaliczkowej, jeśli otrzymana kwota nie dotyczy konkretnych towarów czy usług. W takim przypadku fakturę zaliczkową należy wystawić dopiero z chwilą, w której zaistnieje bezpośredni związek między otrzymaną kwotą a konkretną dostawą towaru lub konkretnym świadczeniem usługi (np. klient, który dokonał wpłaty określonej kwoty określi na poczet nabycia jakich towarów wpłata ta została dokonana).
 
Przykład 1.
W dniu 19 marca 2014 r. na konto Spółki wpłynęła kwota 10.000 zł. Kwota ta stanowiła wpłatę jednego z Klientów na poczet planowanych w kolejnym miesiącach. W dniu 5 kwietnia 2014 r. Klient ten zamówił towary za kwotę brutto 3.000 zł, w dniu 27 kwietnia 2014 r. – za kwotę 1500 zł, w dniu 2 maja 2014 r. – za kwotę 3000 zł, zaś w dniu 5 maja 2014 r. – 2500 zł.
W tej sytuacji Spółka nie powinna wystawiać faktury zaliczkowej na kwotę 10.000 zł w terminie 15 kwietnia 2014 r. (nie byłoby to zresztą możliwe, gdyż w sytuacji takiej przynajmniej częściowo nie byłoby wiadome jakie towary zostaną nabyte, a w konsekwencji jaką treść miałaby zawierać faktura zaliczkowa). Spółka powinna:
1) w terminie do 15 maja 2014 r. wystawić fakturę zaliczkową lub faktury zaliczkowe dotyczące zamówień z dnia 5 i 27 kwietnia 2014 r.,
2) w terminie do 16 czerwca 2014 r. (15 czerwca 2014 r. jest niedzielą) wystawić fakturę zaliczkową lub faktury zaliczkowe dotyczące zamówień z dnia 2 i 5 maja 2014 r.

Zauważyć należy, że przepisy nie wyłączają obowiązku wystawiania faktur zaliczkowych w przypadkach, gdy przed upływem terminu do ich wystawienia dojdzie do dokonania dostawy zaliczkowanego towaru lub wykonania zaliczkowanej usługi. A zatem również w takich przypadkach istnieje obowiązek wystawiania faktur zaliczkowych. Dotyczy to również sytuacji, gdy otrzymana zostaje całość zapłaty (wówczas faktura zaliczkowa powinna być jedyną fakturą wystawioną przez podatnika dokumentującą daną czynność).

2. Termin wystawienia faktury zaliczkowej

Od 1 stycznia 2014 r. obowiązuje również wydłużony termin wystawiania tzw. faktur zaliczkowych (tj. faktur dokumentujących otrzymanie całości lub części zapłaty przed dokonaniem dostawy towarów lub wykonaniem usługi). Faktury takie należy obecnie wystawiać nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym otrzymano całość lub część zapłaty od nabywcy (zob. art. 106i ust. 2 u.p.t.u.). Oznacza to, że obecnie podatnicy mają znacznie więcej czasu na wystawianie faktur zaliczkowych niż do końca 2013 r. (wówczas faktury zaliczkowe należało wystawiać nie później niż 7 dnia od dnia, w którym otrzymano całość lub część należności, w odniesieniu do której zgodnie z ustawą powstaje obowiązek podatkowy - zob. § 10 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 marca 2011 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług - Dz. U. Nr 68, poz. 360 z późn. zm.).

Wskazać przy tym należy, że art. 12 § 5 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa stanowi, że - o ile ustawy podatkowe nie stanowią inaczej - jeżeli ostatni dzień terminu przypada na sobotę lub dzień ustawowo wolny od pracy, za ostatni dzień terminu uważa się następny dzień po dniu lub dniach wolnych od pracy. Przepis ten obowiązuje również na gruncie VAT i ma zastosowanie do terminów wystawiania faktur zaliczkowych. A zatem jeżeli 15 dzień miesiąca jest sobotą lub dniem ustawowo wolnym od pracy (w tym niedzielą) termin wystawienia faktury zaliczkowej upływa w najbliższym dniu roboczym.

Przykład 2.

W dniu 5 stycznia 2014 r. spółka otrzymała zaliczkę na poczet dostawy towaru, która ma zostać dokonana w marcu 2014 r. (towar musi zostać zamówiony u producenta, wytworzony oraz dostarczony do spółki). Na poczet dostawy tego towaru zamawiający wpłacił w dniu 7 stycznia 2014 r. zaliczkę w wysokości 30% ceny towaru. Na wystawienie faktury dokumentującej otrzymanie tej zaliczki spółka miała czas aż do 17 lutego 2014 r. (15 lutego 2014 r. jest sobotą), czyli o ponad miesiąc dłużej w porównaniu do przepisów obowiązujących do końca 2013 r. (gdyby miały zastosowanie te przepisy, fakturę zaliczkową należałoby wystawić do 14 stycznia 2014 r.).

Zwrócić należy uwagę, że jeżeli otrzymanie zaliczki oraz dokonanie dostawy towarów lub wykonanie usługi następuje w tym samym miesiącu, termin wystawienia faktury zaliczkowej oraz faktury końcowej jest taki sam. Przyjmuje się w związku z tym, że w przypadkach takich wystawianie faktur zaliczkowych nie jest konieczne. Takie też stanowisko reprezentują organy podatkowe, czego przykładem mogą być interpretacje indywidualne Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 15 maja 2014 r. (IPPP3/443-186/14-2/SM) oraz z dnia 16 września 2014 r. (IPPP1/443-857/14-2/IGo). W pierwszej z nich czytamy, że „w przypadku, gdy w tym samym okresie rozliczeniowym (miesiącu) Spółka otrzyma zaliczkę na poczet dostawy, jak również dokona samej dostawy towaru, nie ma obowiązku wystawienia odrębnej faktury na udokumentowanie zaliczki (termin na wystawienie faktury zaliczkowej i końcowej jest taki sam). Spółka może wystawić jedną fakturę, zawierającą elementy, o których mowa w art. 106e-106f ustawy, w której opodatkuje całość dokonanej dostawy (łącznie z kwotą otrzymanej zaliczki)".