Problem powstał na tle sprawy Haliny M., która w październiku 2011 r, złożyła pismo u proboszcza parafii Rzymsko-Katolickiej pod wezwaniem św. Piotra i Pawła w Zabłudowie. W piśmie prosiła o wpisanie do księgi chrztu, że wystąpiła z Kościoła Katolickiego. Gdy proboszcz odmówił, zgłosiła sprawę do Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych.
GIODO przeanalizował dane i wydał 6 lutego 2012 r. decyzję umarzająca postępowanie. Stwierdził bowiem, że sprawa nie należy do jurysdykcji  organów państwowych.

Uaktualnienie jest konieczne
Skargę Haliny M. rozpatrywał 17 kwietnia 2013 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po czym uchylił decyzję GIODO. Nakazał Inspektorowi wyjaśnienie przynależności lub braku przynależności do Kościoła. Archidiecezja wyjaśniła, o jaką procedurę kościelną chodzi i w takiej sytuacji GIODO zażądał uaktualnienia danych w księgach parafialnych.  Oparł się na kodeksie cywilnym i oświadczeniu woli przez obywatela wobec związku wyznaniowego. Przepisy kościelne musza odpowiadać prawu w RP - uznał Inspektor . Przez wzmiankę w aktach chrztu tworzą się dwa zbiory: jeden osób ochrzczonych - należących do wiernych kościoła i drugi - występujących - podlegających kognicji państwa.
Z tą decyzją nie zgodził się proboszcz i sprawa znów trafiła do WSA. Proboszcz dowodził, że tylko przepisy kościelne obowiązują w tej mierze, gdyż tak stanowi konkordat zawarty między Stolicą Apostolska a Rzeczpospolita Polską.
Uczestniczka postępowania Halina M. tłumaczyła przed WSA, że nigdy nie podporządkowała się procedurze przewidzianej art.124-126 prawa kanonicznego, gdyż osobiste złożenie oświadczenia woli w obecności dwóch świadków nie doprowadziłoby do wykreślenia jej nazwiska, czy adnotacji w księgach. Procedura kanoniczna jej zdaniem prowadzi tylko do ekskomuniki. 

WSA: legalne działanie Kościoła
WSA w Warszawie 15 kwietnia br. oddali skargę GIODO. Według wyjaśnień sędziego Adama Lipińskiego gwarancji prawa wolności sumienia i wyznania nie można wyolbrzymiać, ani umniejszać. Ustawa określa zasady działania związków wyznaniowych, na zasadzie rejestracji związku. Gdyby przepisy  o apostazji były sprzeczne z prawem polskim, kościół nie byłby zarejestrowany - podkreślił sędzia sprawozdawca. Dodał też, że prawo kościelne i prawo państwowe muszą się zazębiać. Sędzia porównał tę kwestię do rozwodu. Osoba, która wzięła ślub przed urzędnikiem stanu cywilnego, mogłaby przyjść do urzędnika i prosić o wpisanie do akt sanu cywilnego rozwód, jako oświadczenie woli.
W każdym razie każdy apostata może skorzystać z drogi wskazanej przez prawo kanoniczne. Natomiast GIODO naruszył swoje kompetencje a zwłaszcza art. 25 i 53 Konstytucji ( zapewnienie wolność sumienia i religii).
 
Zawirowania w orzecznictwie NSA
W październiku 2013 r. NSA wydał serię orzeczeń, w których uznał, że GIODO nie może z góry umarzać postępowań w sprawie osób, które domagają się wpisu w księdze parafialnej o tym, że wystąpiły z Kościoła. GIODO powinien najpierw ocenić, czy takie osoby skutecznie wystąpiły z Kościoła - uznawał sąd.
"Analiza tamtych orzeczeń wskazuje na jedno - przesądzone zostało, że GIODO nie może umarzać postępowania (...) nie mógł uznać, że postępowanie jest bezprzedmiotowe" - wskazała w piątek sędzia Rudnicka, odnosząc się do tamtych orzeczeń. Więcej: NSA: apostazja tylko według ...
Jednak w lutym tego roku zmieniła się radykalnie linia orzecznicza NSA. W kilku wyrokach  NSA w podobnych sprawach, skargi kasacyjne GIODO zostały - oddalone. Sąd tłumaczył rozstrzygnięcie konstytucyjnym prawem do wyznania.  GIODO nie może oceniać, jakie jest nasze wyznanie - wyjaśniała wyrok z 9 lutego 2016 r. sędzia Jolanta Rudnicka. - Z drugiej strony Kościół ma zagwarantowane prawa w Konstytucji RP i Konkordacie ze Stolica Apostolską. Z tych regulacji wynika rozdział Kościoła od państwa - dodała sędzia.

Wyrok nie jest prawomocny.

Wyrok WSA z 15 kwietnia 2016 r., sygnatura akt II SA/Wa 1333/15